阿奎那哲学的另一个基本特征是它与神学的密切联系。阿奎那的许多重要著作，既是神学的，也是哲学的。在阿奎那的思想体系中，哲学与神学往往是交织在一起而密不可分的。这一方面使得他的神学获得了一种新的表述基础，在哲学理性的维度上实现“整个神学的解放性转换”，从而创造出一种不同于奥古斯丁的新的传统；另一方面则赋予他的哲学以更宽广的领域，使其哲学从传统的问题中伸展到了神学的层面上，诸如“上帝的存在和特征，上帝作为创造者的活动和上帝的天命，不朽灵魂的存在和众多伦理学上的见识”，等等，都进入到了哲学理性的视野中。这种从哲学立场出发对神学问题的关注，在阿奎那的哲学中发展出了某种独特的哲学主题——自然神学。正如Norman Kretzmann所说，阿奎那所论述的自然神学“是他所知道的最充分完成的和最有前途的自然神学”。因而，通过神学问题阐发他的哲学思想，就成为阿奎那哲学的一个基本特征。
在理性基础上对自然神学的全面阐发，集中体现在阿奎那所提出的上帝存在的五种证明上。这五种证明依次为不动的推动者的证明、最终因的证明、自身必然性的证明、事物不同完善等级的证明和目的因证明。在这五种证明中，阿奎那运用了古希腊哲学，特别是亚里士多德和柏拉图的哲学，从经验世界追溯超经验的最终原因。这体现了阿奎那对人类理性和亚里士多德哲学的信任。从而，在一定程度上为人类理性的合法性建立起了可以接纳的根据，虽然这种接纳是有限的和有条件的。
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