（二）侦查与反侦查信息不对称，侦查工作对抗程度加大
侦查阶段，律师调查取证与侦查部门同步。侦查部门取证的主要对象也是律师取证的对象。这就可能形成证实犯罪与否定犯罪、罪轻罪重证言并存的局面。律师有权到检察机关阅卷，掌握侦查的进程和全部证据，而检察机关却无权在起诉之前掌握律师所掌握的证据情况。这必然出现控、诉双方权力的不对等，甚至导致诉讼结构的失衡，从而影响侦查部门对案件侦查进程及其侦查结果的掌控，最终势必对案件事实的认定及其处理产生影响。过去，侦查工作面对的主要对象是犯罪嫌疑人，而现在则主要是律师。律师介入侦查后，与侦查工作对抗阻力加大，这就要求侦查人员不仅要严把证据关、事实关，更重要的是程序关，要多站在律师的角度去想问题，提前弥补侦查取证中的薄弱环节。
（三）犯罪侥幸心理普遍存在，犯罪嫌疑人的供述与辩解和证人证言等言词证据随时可能发生变化
犯罪嫌疑人可以充分运用“不得自证其罪”的原则，对一切有关犯罪的问题拒绝回答，以逃避法律制裁。这对贪污贿赂渎职等职务犯罪的影响十分重大。因为此类犯罪一般难以获取物证、书证，主要依赖于言词证据和其他间接证据的佐证。侦查阶段，侦查部门侦查与律师调查同步进行，证人可能对侦查部门和律师各说一套，犯罪嫌疑人也可能随时翻供，言词证据存在太多的变数和不确定性，给定案带来极大难度。
（四）案件数量、质量与目标考核的冲突凸显
现有的检察工作考核制度，对案件的质量考核主要有立案数、起诉率、有罪判决率和大要案比例等。立案后作撤案或不诉就是错案，职务犯罪侦查工作中长期存在一种观念：案件要立得起、诉得出、判得了，否则就是错案。而新刑事诉讼法加大了对犯罪嫌疑人和律师的权益保护，侦查工作的对抗性加大，证据变化的自然性与必然性，势必使相当一部分职务犯罪案件因证据问题而撤案和不诉，与现行的考核制度相冲突。
刑事诉讼法的修改对自侦工作的影响，就必然对传统自侦办案模式提出新的挑战。随着社会的发展，各种刑事犯罪的日益复杂化已经成为一个不容忽视的事实。职务犯罪案件因高智能、高科技、反侦查能力强、隐蔽性强等特点更是对传统的侦查方式提出了严峻的挑战。以前在我国只有《国家安全法》和《人民警察法》赋予国家安全机关和公安机关可以行使技术侦查权，随着职务犯罪的不断发生，检察机关对技术侦查手段的适用呼声越来越高，而新刑事诉讼法也首次明确了检察机关合法适用技术侦查手段的权力，如何完善技术侦查的制度，规范技术侦查的适用，以提升侦查破案能力、有效打击犯罪和保障人权成为当务之急。
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