安徽省课题组认为，应该加大对农业的优惠力度，不仅要在所得税方面制定政策，还要扩展到增值税制度。对农户购入农用机械、种子、化肥等农业生产资料时，依据取得的收购凭证、普通发票或其他合法销售凭证，对其所含的进项税额实行退税；对集种养、加工、销售为一体的企业给予一定期限增值税全免或全退。广西自治区课题组指出，允许农产品加工企业采用固定资产加速折旧方法，鼓励高新技术向农产品加工企业的渗透，促进农产品加工企业的技术改造。鼓励农村专业合作社的发展，对其从事生产、农产品流通、初加工，提供农业技术、培训、信息、仓储等服务所得实施免税。
第三，强化税收政策的产业结构升级导向。吉林省课题组和国务院发展研究中心课题组认为，未来需要深化增值税转型，对于企业在生产、办公、研发方面的厂房、车间等不动产土建项目，可考虑逐步放宽，列入增值税抵扣范围；广西自治区课题组、陕西省课题组等人为，需要按照企业不同的发展阶段来采取不同类型的所得税优惠。从过去片面的事后优惠转变为事前优惠与事后优惠的有机结合。各省市都认为，需要进一步加大针对高新技术生产和应用的税收优惠力度，将优惠措施扩展至研发、成果转化、生产、销售等全环节；另外，税收政策支持企业“走出去”。青岛市课题组认为，应该支持服务贸易的发展，逐步实现服务贸易出口免征营业税。有必要将从2010年起北京、天津、上海等21个城市（不含青岛）从事离岸服务外包业务取得的收入免征营业税的试点范围进一步扩大。
第四，税收政策应全面促进第三产业的发展。各省市课题组都认为，应该加快在全国推广实施营改增，扩大这项改革的区域范围和行业范围，解决重复征税问题，促进第三产业的发展。
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