②换水周期
换水周期是湖泊的自然形态学指标，2002年太湖流域实施引江济太水资源调度工程后，换水周期受人为调控影响较大，鉴于此，健康太湖总体评价中不考虑换水周期指标。
③围垦强度
过度的围垦是太湖面临的突出问题之一。围垦强度是反映人类占用湖泊水面情况的具体指标。太湖的围垦问题集中体现在东太湖。此外，由于马山圩的阻隔，导致梅梁湖、竺山湖两个湖湾之间的水系连通性有所恶化，从湖泊管理的角度出发，在东太湖、竺山湖、梅梁湖评价指标体系中考虑围垦强度指标。
（3）出入湖水质净化率
出入湖水质净化率主要受环湖出入湖河道的水量、水质决定，其中水量是主要影响因素。另外，环太湖的出入湖污染负荷的计算方法还有待进一步优化，因此，在健康太湖综合评价指标体系中不考虑出入湖水质净化指标。
（4）淤积程度指标
太湖的淤积程度用淤积速率、淤积量两个指标来表示。根据资料搜集结果，受不同湖区沉积动力的影响，近50a来太湖各湖区除东太湖近20a来淤积情况严重以外（12.4mm/a），太湖其他各湖区淤积速率较小，多年变化情况比较稳定。因此，在健康太湖综合评价指标体系中可不考虑淤积指标。
（5）沼泽化指标
沼泽化程度主要反映在人类活动、外来污染、泥沙淤积等驱动因素下的沼泽化进程。
通过分析统计太湖各湖区不同历史阶段的沼泽化指数情况，太湖各湖区中，东太湖湖区处于沼泽化前期和盛期过渡阶段，沼泽化问题较为突出，其余各湖区沼泽化程度均较小。虽然东太湖的沼泽化问题已经成为太湖的主要问题之一，但是由于国内外对于湖泊沼泽化问题的研究非常少，目前对于湖泊沼泽化评价的方法还不是很成熟。本次研究采用的沼泽化指数评价方法，其涉及到的沼泽化植物指标、沼泽化淤积指标数据仅有一组，数据获取需要全湖较为详细的植被调查才能获取，且指标数据的主观因素较大，因此现阶段在健康太湖综合评价指标体系中暂不考虑沼泽化指数指标。
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