首先，这三个概念中的核心行为体有所差别，传统国际关系理论以国家为核心分析单位，而关注跨国关系和全球政治的批判理论更为重视跨国行为体的政治经济功能。国际政治关注的是民族国家间的互动以及由此形成的国际体系，主要指的是民族国家间正式的或非正式的相互关系，包括联合国、国际条约、国际关税规则，它们都表现出了国际政治的内在特征。而跨国关系研究聚焦于超越民族国家边界的个人、族群或政府间组织之间的交互关系，这些行为体包括政府间组织、跨国公司、金融机构、移民、恐怖分子、毒品贩子、黑手党、商业协会、全球的金融活动和科学研究团体等等。全球政治包含的行为体是最广泛的，可以说前两者的行为体都可以作为它的主体，国家这个单位只不过是众多行为体中相对重要的一员。这些行为体之间的互动模式是全方位的，进而导致最终发展方向是形成一个众多行为体广泛参与的全球体系。
其次，国际政治把和平与发展的根源、民族国家间的互动模式、国际体系的形成和发展当成首要研究任务；而跨国关系把视野放在了一些民族国家不愿承担的，或者说没有能力去管理的一些跨国问题领域和全球问题领域，如跨国宗教与文化互动、跨国经济与通讯、国际非政府组织、政府间组织的活动、跨国倡议网络以及跨国恐怖主义活动等等。从“全球政治”概念上来说，它是对传统的国内／国际、内部／外部、领土／非领土政治的区分的颠覆，它主张从整体的视角来分析事件，而不是局限于国际的、民族国家的或者次国家的层面来解释。与全球政治和全球问题对应的领域是全球治理，其发展前途就是持续地把主权集中于超国家机构，进而形成单一的世界国家，最终能够有效地消除非法战争和暴力行为。
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