这次事变，给了蔡锷一个深刻的教训，他开始认识到要救国图存，非学习军事，掌握军队不可。为此，他重返日本，不久就把“蔡艮寅”这个名字改成了“蔡锷”。一方面是为了逃避清政府的迫害，另一方面也是为了表达他投笔从戎的决心，所谓“锷”，在汉字里是“剑刃”的意思，他希望自己成为一把光芒四射的利剑，好为国家和民族建功立业。接着，他便向梁启超提出了改学军事的想法，希望得到梁的赞成。梁启超当时正热心鼓吹“破坏主义”，对蔡锷这一想法并不反对，只是顾虑他身体单薄，因而笑着对他说：“汝以文弱书生，似难担当军事之重任。”蔡锷一听老师担心的是他的身体，连忙保证说：“只需先生为我想方法，得学陆军，将来不做一个有名之军人，不算先生之门生。”梁启超了解蔡锷是个从来不说空话的人，答应尽力帮他想办法。
当时留学，有公费、自费之分。但如果学习军事，即使自费也须由清政府“保送”。幸亏这时清政府正准备编练新军，急需人才，而蔡锷又改了名字，一般人不知他就是当年时务学堂的蔡艮寅。因此，经梁启超等人多方设法，1901年12月17日，他终于由湖广总督张之洞咨送、驻日公使蔡钧保证，作为自费生进了成城学校。成城学校是日本陆军士官学校的预科学校，修业时间一般为十五个月，所学课程包括普通学与军事学两种。1903年7月，蔡锷修完全部课程，随即进入仙台第二联队实习。9月，转为江南官费生。12月1日，升入陆军士官学校第三期骑兵科深造。
1904年10月24日，蔡锷以优异成绩毕业，与蒋方震、张孝华同被誉为“中国士官三杰”。
蔡锷从日本士官学校毕业回国后，先在江西和湖南从事了一段军事教育工作，但时间都不长。1905年6月，他在广西巡抚李经羲的盛情邀请下，从湖南来到广西，协助李经羲编练新军。他在广西一待就是五六年，广西的巡抚都换了几茬了。蔡锷的主要任务是办理军校，培养干部。他先后担任过随营学堂、测绘学堂、陆军小学堂、讲武堂的总办。他办理学校，果敢坚决，纪律严明，许多棘手问题，一经他手，便迎刃而解。他的出色工作，赢得了李经羲等历任巡抚的信任和重用，特别是张鸣歧，凡关军事机构及边防改良设备等事，均由蔡锷“一手筹划，即军事奏议亦多出其手”。1910年10月前后，蔡锷已是一个集“学兵营营长、兵备处、教练处、参谋处总办、干部学堂总办”于一身，“总揽全省操练新军大权”的要人了。
随着地位的不断升迁，蔡锷遇到了一些麻烦。一些狭隘的地方主义者认为广西是广西人的广西，嫉妒蔡锷这个湖南人拥有这么大的权力。而一些同盟会员则疑心他已与清朝的封疆大吏沆瀣一气，一心只想升官发财向上爬，没有半点革命味道。这两部分人怀着不同的心思，提出了一个共同的目标——把他赶出广西！恰在这时，蔡锷奉谕对干部学堂第二期学生举行甄别考试，淘汰了一批广西籍学生，从人数看，比淘汰的湖南籍学生多些。于是，那些人便借口蔡锷“庇湘仇桂”，煽动军学绅商各界掀起了一场声势浩大的驱蔡运动。
其实，蔡锷在甄别考试中“庇湘仇桂”，纯属子虚乌有，同盟会员怀疑他的政治态度，那是不了解内情的缘故。他们并不知道蔡锷早在入桂之初，就曾向倾心反清革命的谭人凤等人“披沥”过“英雄肝胆”。也不知道1905年10月底，湖南隆回会党举事，谭人凤回湘襄助时，他曾“临行赠手枪二十枝”，“遣教员岳森同归”。更不知道谭人凤等人走后，他曾奏准放下桂林城门，率领随营学堂学生日夜操演行军，准备随时接应。同样不知道举义失败后，他还曾派巡警学堂总办曾广轼回湘请谭人凤再次“赴桂”。当然更不知道1906年春，他曾参加黄兴在桂林组织、由同盟会员梅蔚南任会长的同盟会外围组织——兴汉会。实际上，蔡锷人桂后，从来都没有忘记自己昔日立下的“流血救民”的誓言。
经过这场风波后，蔡锷对广西已无留意，决定接受云贵总督李经羲的奏调，转赴云南任职。
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