清太祖、太宗两朝，国家肇建，制度粗疏，入关以后，八旗制度逐步得到完善。八旗“牛录”组织改称“佐领”，“甲喇”改称“参领”。同时改定八旗官员汉译名称：固山额真称都统，梅勒章京称副都统，甲喇章京称参领，牛录额真称佐领。各佐领在行政上均隶属本旗都统。都统“掌八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋”，是旗的最高长官。
八旗各设都统衙门（俗称档房）。举凡军政、户籍、铨选、司法、婚娶丧葬、稽查不轨等事务，各有所司，从而完善了对旗人的管理体制。
佐领是八旗的基层组织。每佐领一般辖管数十户，每户约计数口以至数十口人丁。佐领的长官也称“佐领”，职掌人口、田宅、兵籍。佐领对本佐领人户权力很大，虽然官阶仅四品，但本佐领旗人即使位居公侯，对他仍得客客气气。两者的关系，“犹县令之辖乡绅”。
清初满洲八旗是带有强烈血缘遗迹的组织，氏族长、部落长率部入旗以后，出任各种官职，对旧属仍握有很大权力，这种权力往往因同族世居同一佐领而得以长期延续。清朝统治者曾利用这种传统关系作为强化旗人凝聚力的纽带。久而久之，在佐领中便形成了几种类型：开国初期各部酋长率部归附，授之佐领，以统其众者，叫“勋旧佐领”；率众归附，因卓有劳绩，赐以人户或一佐领的，为“优异世管佐领”；仅同弟兄族里归附，授之佐领者，为“世管佐领”；因户小人稀，合编为一佐领，由两姓三姓轮流任佐领者，为 “互管佐领”；各拨出余丁，攒为一佐领者，为“公中佐领”。在各类佐领中，唯公中佐领一职不在子弟中世袭。但在清前期，这种佐领所占比例很小。由于多数佐领控制在贵族世家子弟手中，加之同一佐领下人世代聚居一地，就为盘根错节的血缘亲属关系的绵延提供了理想的温床。
清朝统治者借助这种传统关系的网络，参酌汉族人封建宗法制度，在佐领内建立起完备的族长制度。
族长最初由族众推举产生，选出后经佐领验放，入选族长的多为休致的官员或德高望重的长老。族长的多寡，视佐领内宗族的数目而定。由于佐领组织是多族姓的聚居，族长有二三人之多是习见的事。遇到涉及本族公私事务，族长与佐领一同筹划，并有教诲族人的责任，所以虽无爵秩，其权威也颇令后生晚辈们敬畏。雍正年间对族长制加以改革，严格了对族长资格的限制，规定族长一缺只能由都统、副都统从各族中拥有男爵、轻车都尉、骑都尉、云骑尉等世职的贵族，或者举人、生员、领催等士绅官吏中选取；每三年由都统对族长考核一次，凡教导族人有方的予以奖励。
随着族长人选与考核制度的制度化，这一职务也从旧贵族控制族人的工具蜕变为封建阶级操纵驾驭旗人的一种手段。
在旗人中，宗族组织最为完备的非皇室莫属。清皇室又称宗室，即显祖塔克世（努尔哈赤的父亲）的直系子孙。清肇兴时，宗室子弟不过数十人。以后瓜瓞绵绵，子孙繁衍，到清中叶已经按血缘亲疏进一步析分为近支宗室和远派宗室。乾隆四十年（1775）将八旗左翼宗室子弟分为二族，右翼宗室子弟分为四族，每族设族长一人，由王公兼任。远派宗室原有左翼二十族、右翼二十族，各有族长。在众族长之上还有总族长。光绪年间，八旗宗室子弟多达八千人以上。
旨在加强对旗人的控制，还建立了保甲制度。清初沿袭明制，在地方州县以下恢复保甲组织，十户为甲立一甲长，十甲为保立一保长，为封建王朝承担直接管理和监视人民的职责。康熙二十五年（1686），清朝首先在畿辅屯居旗人中试行保甲法，将各庄屯旗丁，与当地民户共编保甲，令旗人屯拨什库（屯领催）与保、甲、乡长共同稽查不轨。雍正七年（1729），雍正帝谕令近畿旗庄依仿汉民保甲之制，设立屯目、乡长。
屯目、乡长的设立，意味着旗籍保甲长的产生，是八旗保甲组织臻于完备的重要一步。关于屯目职掌，《户部则例》规定：对屯居旗人及附近散居旗人，由屯目管辖；旗人往来各处，必须报明屯目给予期限；如果无故逗留或潜往他处，报官严拿惩治。从屯目的职掌可以一目了然：清廷编设旗人保甲的用意就是对屯居旗人实施更有效的监督与控制。清中叶，保甲组织由畿辅扩大到东北、口外以及内地部分驻防八旗居地。
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