关于水源保护补偿机制的建立存在两种极端的观点：“全额补偿论”和“客观差异论”。
所谓“全额补偿论”，就是要求上级政府或下游地区补偿水源保护区全部的保护投入及经济损失，将水源保护区和非水源保护区的经济差距通过经济补偿完全填平。一般来说，要求进行全额补偿的是水源生态保护区。他们认为，上游地区进行水源生态保护使整个流域地区受益，但是上游地区却付出了经济发展受阻的代价，因此，上游地区应当得到补偿，补偿金额为全部的保护投入。
所谓“客观差异论”，就是认为水源保护区的经济落后完全是自然因素造成的，进行生态保护是水源保护区应尽的义务，水源保护区应当而且必须对水源进行保护，这种保护不需要下游地区或上级政府提供补偿。与“全额补偿论”相反，“客观差异论”者大多来自下游地区，他们认为上游地区没有理由要求得到补偿。
这两种观点都是片面的，会带来很多负面影响。
首先，有些地区受全额补偿论观点的影响，把经济落后的原因全部推给生态保护，认为落后是由于保护，因此反复要求得到补偿。生态补偿是必要的，但是要避免一种错误的观念，即落后就是因为保护，把经济落后的原因全部推给生态环境保护，这就走向一个极端。
水源生态保护的全额补偿导致水源保护区的收益大于付出，而对整个流域而言，则是付出大于收益，对水源保护区和整个流域地区都会带来负面效应：全额补偿提供给水源保护区一个错误的信号，即经济发展水平越落后，同其他地方的经济发展水平差距越大，那么可以得到的补偿就越高，并且这种补偿完全可以弥补水源保护区与其他地区在经济发展上的差距；反之，如果努力发展经济，缩小与其他地区的差距，得到的补偿会减少，减少的幅度与经济发展提高的幅度大致相等。
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