盛应期到达两广，与抚宁侯朱麒一起监督参将李璋等人，讨伐平定思恩土目刘召，盛应期再次被赏赐银币。朝廷商议大举征讨岑猛。盛应期分条进上方针策略七项，说两广军队疲弱不能够使用。朱麒等人愤恨。适逢御史许中弹劾盛应期暴虐，朱麒等人趁势共同制造流言。御史郑洛书又弹劾盛应期行贿结纳权贵。盛应期已经升迁为工部侍郎，就称病回乡。
嘉靖六年，黄河水溢人漕渠，沛县北部的庙道口淤积数十里，粮船为此受阻，侍郎章拯不能整治。尚书胡世宁、詹事霍韬、佥事江良材请求在昭阳湖东面另外开通漕渠，做持久的打算。意见尚未确定，由于御史吴仲进言召唤章拯回来，就在家中授官盛应期为右都御史前往任职。盛应期便提议在昭阳湖东面，在北部由江家口进去，南部由留城日出去，开掘疏浚河道一百四十余里，相对于疏浚旧河省力而利益长远；役夫六万五千人，白银二十万两，规定的期限为六个月。工程尚未完成，适逢旱灾皇上修身反省，进言的人大多认为开挖河道不是良策，皇上突然命令取消工役。盛应期请求推延一个月完成这个工程，皇上不听从。起初，盛应期请求让郎中柯维熊分担疏浚支河，柯维熊大力称颂开通新河的提议，到这时也说不利。盛应期上奏请求自行解决，皇上恼怒，诏令一并剥夺盛应期与柯维熊官职。胡世宁说：“开通新河的提议由臣倡导。盛应期规定的期限是六个月，到如今四个月了，工程已经完成十分之八九了。由于工役期限急促，怨恨诽谤不断产生。柯维熊变化无常奸巧诡诈，倾轧大臣，贻误国事。自古以来国家搞坏了大事，必定惩罚首先提议的人，臣请求与盛应期一同免职。”皇上不同意。盛应期后来又被赦免，恢复官职退休，去世。盛应期被罢免以后三十年，朱衡循着新河的遗迹完成工程，漕运通道蒙受利益了。
潘季驯，字时良，乌程人。嘉靖二十九年考中进士。授官九江推官。被擢升为御史，广东巡抚。推行均平里甲法，广东人得到大便利。临近被取代离去，上疏奏请饬令继任者遵守他的方法，皇上依从了。晋升为大理丞。嘉靖四十四年，潘季驯由左少卿晋升为右佥都御史，总理河道。与朱衡共同开辟新河，加官右副都御史。不久因丁忧回家。
隆庆四年，黄河在邳州、睢宁决口。潘季驯被起用为官，再次总理河道，堵塞决口。次年，工程竣工，由于迫使载运物资的船只进入刚解冻的急流，漂散沉没很多，被勘查河道的给事中雒遵弹劾而罢免。
万历四年夏季，潘季驯再次被起用，任江西巡抚。次年冬季，被召回朝廷担任刑部右侍郎。那时，黄河在崔镇决口，黄河水向北流淌，在清河口淤塞积淀，整个淮河向南迁徙，高堰湖堤大为崩坏，惟安、扬州、高邮、宝应之间都是大水。大学士张居正深深地为此担忧。河道漕运尚书吴桂芳提议恢复老黄河的故道，而总理河道的都御史傅希挚打算堵塞决口，控制水势流入漕渠，两人意见不合。适逢吴桂芳去世，万历六年夏季，朝廷命令潘季驯以右都御史兼工部左侍郎的官衔取代他。潘季驯认为故道长期堵塞，虽然疏浚恢复，它的深度宽度必定不能像如今的河道一样，提议在崔镇修筑堤坎以堵塞决口，修筑距离河岸较远的河堤以防备决口。又说：“淮河清，黄河浊；淮河弱，黄河强，黄河水一斗，泥沙占其中的十分之六，夏季秋季则占其中的十分之八，不是极其湍急，必定导致停滞。应该借淮河的清以冲刷黄河的浊，在高堰修筑堤坝以控制淮河进入清口，以抵挡黄河的强势，使两条河水一起流淌，那么出海口就自然疏浚了。即便是吴桂芳所开辟的草湾，也可以不再修治。”潘季驯便分条进上六件事，皇上下诏依照他的提议办理。
次年冬季，两河的工程完成。第三年春季，加官太子太保，晋升为工部尚书兼左副都御史。潘季驯刚到达黄河附近时，经过虞城、夏邑、商丘，观察估量地势。旧黄河上游，自新集经过赵家圈、萧县，出徐州小浮桥，极其深广。自嘉靖年间向北迁徙，河床浅了之后，迁徙无常，曹县、单县、丰县、沛县时常苦于水患。潘季驯上疏奏请恢复原先的河道。给事中王道成认为正在崔镇和高堰修筑堤坝，工役难以一并进行。河南巡抚、巡按也陈奏三个困难，于是作罢。潘季驯升迁为南京兵部尚书。万历十一年正月，被召回朝廷改任刑部尚书。
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