可见，历史比较法和历史层次分析法并不是对立的，而是互为补充的。通过层次分析可以剔除语言借用成分，从而确保所比较的项目都是来自语言自身，然后用历史比较法来构拟出单一的原始形式；就语音层次分析而言，无论是语音层次的鉴定、层次的时间先后及方言间层次的对应都需要借助历史比较法。如离析语音层次惯用的一种方法就是看同一方言中是否有系统的一字两读或多读现象，反映到方言比较则是方言之间的一组同源字是否存在成系统的多套对应。而寻找方言（语言）间同源字（语素）音类的对应关系也就是历史比较法中的最为重要的一环；在确定语音层次先后的研究中，历史音变的轨迹也是非常重要的参照系。
在语言接触不是很显著的语言里，比如印欧语，我们可以比较容易剔除语言借用，用比较法来构拟原始形式，来解释各子语言的演变。在语言接触十分频繁和有深度的语言里，比如多中心混合型语言发展模式里运用比较法研究语言的历史会遇到不可逾越的困难。第一，无法建立严格的语音对应关系，Grace在几十年的New Caledonia语言的研究经验告诉我们在多中心混合型语言里无法在语言间找到严格意义的语音对应关系和建立音变规则（Grace1996）。第二，同源词语音对应跟构词形态的一致会打乱。Maisin语是南太平洋巴布亚新几内亚岛上的一个语言，根据基本词汇中语音的对应关系，它跟Melanesian语有一些对应，但是它的构词形态和语言类型却不同于Melanesian语族中的任何语言，而跟邻近的Papuan语接近。所以在确定Maisin语言的谱系关系时就会遇到左右为难的窘境（Ross1996）。第三，无法根据共享特征做下位分类。按照历史比较法，语言的发生学关系确定以后，谱系的下位分类必须以共享创新特征来做分类。在多中心混合型语言里，由于跟相同或相似的语言发生接触，从而各语言的类型和音变都有趋同的倾向。
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