1896年，弗洛伊德的父亲去世。随后的三年中，弗洛伊德经历了一段阴暗的时光，同时他也努力遗忘由父亲的去世带来的痛苦。一方面，他对父亲满怀爱意和尊敬，另一方面，他感到敌意和自责。此时，弗洛伊德的责任艰巨。他有六个孩子，妻子、母亲和几个姐姐也全都依靠他。父亲的去世让他感到在世界上极度孤单，同时也更使他坚信男性在家庭中的领袖地位。
然而，这段黑暗时期（我们到中年时的普遍历程）也有着积极的意义。弗洛伊德开始进行大量透彻的自我剖析。他开始意识到他长期对父亲有着怨恨和愤怒的压抑情感，这些情感以羞愧难堪和无能为力的感情形式显现出来，从而启发他追溯体验自己的儿童记忆和梦境。
弗洛伊德认识到无意识的儿童记忆通常在成人的梦中浮现。例如，他回忆起在他儿童时期瞥见裸体的母亲时所产生的性感觉。受压抑的儿童记忆显现在梦境和幻想中，其重要性成为精神分析理论的核心。
在自我剖析期间，弗洛伊德写下了《梦的解析》。该书包括了许多弗洛伊德对自己的梦的分析。在分析自己的梦的时候，弗洛伊德把自己看做一名病人，试图尽可能地客观。1900年这本书出版的时候，他对自己的理论更加自信，并且建立了精神分析学的主要基础。他应用于患者的两种主要疗法一直沿用至今。
自由联想法
弗洛伊德鼓励患者将精神意象和隐藏记忆相联系。他发现可以通过这种方式将患者一步步更深入地引入无意识状态。
梦的分析
弗洛伊德发现梦是一个研究无意识的非常有启迪作用的方法。
1901年，弗洛伊德的第二本重要著作——《日常生活的精神病理学》，同样在弗洛伊德的退隐后期发表。该书涉及弗洛伊德著名的失语现象以及口误与笔误（见第五章）。
杜拉的分析
杜拉是个18岁的女孩，1900年时弗洛伊德的病人。
这个病例有两点很有意思。首先，这是历史记录中最早的精神分析病例，同时也是最早的运用梦的分析为疗法的病例。尽管治疗本身失败了，但是此病例仍多年被用于教学的病例分析。其次，这突显了精神分析法的可能性缺陷。
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