二、保护专利权本身为何不是独立的政策目标
三元论者和二元论者往往认为保护专利权本身就是独立的政策目标，因此法官在个案裁量时要在保护专利权人利益与保护公众利益之间进行价值选择。其实，专利权保护的最终目的是为了实现公共利益最大化，与该政策目标相比专利权保护只有工具价值。那些将专利权保护本身视为政策目标的思想，往往错误地将专利权视为自然权利或基本人权而具有终结价值。
夏勇曾这样论述权利：“在权利话语主宰当代政治法律思维的时候，似乎尊重和保护权利，具有绝对的价值正当性。其他一切非权利角度的考虑，例如经济、宗教、风俗、安全等角度的考虑，似乎都只能被看做对权利的某种限制并因此缺乏与生俱来的合法，需要进一步的论证才能够成立。其实，权利本身的价值证成也远未完结，权利冲突的价值评断更为复杂。”近年来我国学术界有关知识产权是自然权利还是法定权利、知识产权是否为人权之争，与知识产权的目的问题密切相关：如果知识产权是自然权利、人权，那么知识产权的存在先于立法，保护知识产权本身就是立法目的；如果知识产权是法定权利、不是人权，那么在法律制定之前就不存在知识产权，保护知识产权本身就不是立法目的。
（一）专利权不是自然权利
将财产权论证为自然权利的逻辑起点在于财产权的起源，格劳秀斯、普芬道夫等认为财产权源于占有，洛克认为财产权源于劳动。相比之下，专利权却源于垄断特权。达沃豪斯曾评论说：“专利法有时靠对发明者与生俱来的自然权的吸引力来证明其合法性，然而历史记录所表明的却是从一开始，无情的贸易道德观推动／特许权的制定和使用。很显然，英格兰国王和以后的美国殖民地政府，授予那些进口外国发明的个人特许权，他们并不关心外国发明人的‘自然权利’。”
在17、18世纪自然权利理论兴盛时，专利也曾一度被认为是自然权利，但按照这一思想制定的相关专利制度相继破产。法国1791年专利法认为专利是人权，因此实行注册制并且无期限限制，但1844年修改专利法时删除了前言关于专利自然权利的话，并于20世纪最终接受了专利实质审查制度。美国也曾于1793年取消已经施行三年的审查制，但自然权利思想指导下的专利制度实践是不成功的，只得于1836年恢复实质审查制。1898年中国清朝颁行《振兴工艺给奖章程》，该法规深受梁启超等人的自然权利思想影响，不实行实质审查制度，结果许多商家蜂拥申请专利，清政府被迫于1904年“叫停”专利，使中国历史上第一部现代专利法夭折。
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