华侨社团的另一种形式——同业商会，也随着各地华侨从事产业相对集中而出现。如1880年的菲律宾“崇宁社”，就是由华侨中的木材商人组成的，后来改称“中华木商会”；菲律宾的华侨布商相继成立了“和局布商会”和“福联益布商会”，1903年两会又合并成“中华布商会”。
早期的东南亚华侨地域观念强烈，而国家观念淡漠，籍贯相聚“乡帮”的存在就是这种观念的反应，因此地缘性社团大行其道。如1881年，随着印度尼西亚棉兰种植园经济的发展，闽南人移民不断增加，为帮助死后的闽南籍乡亲料理后事，成立了作为慈善福利机构的“福建公司”，1906年又改名为“福建会所”。~1904年，泉州府下辖的晋江、南安、惠安、同安、安溪籍缅甸华侨创设“泉州五邑同乡会”，后由于永春与德化籍华侨的加入，改称“温陵会馆”。
随着清政府华侨政策的调整，华侨的国家意识和民族意识进一步成长，东南亚各地出现华侨综合性社团。综合性社团把各地缘群体和各行各业的华侨都聚合到一起，并使华侨社会兴办各种事业有了行为主体。如1900年，在福建厦门籍华侨的倡议下，印尼华侨组建了第一个综合性社团——巴城中华会馆，承担起了办教育、办慈善等事关华人社会全局的事务，很快印尼各地华侨纷纷效之。
巴城中华会馆的成立，也是华侨国家意识觉醒与坚定的标志。在巴城中华会馆成立之前，荷兰人和印尼人常称华侨为“支那人”，称中国为“支那”。中华会馆成立时决定直接以“中华”命名，以维护中华民族尊严、争取华侨平等地位。自此之后，中华会馆和华侨办的报纸不再使用“支那”一词，而改用“中华”或“中国”。
东南亚各地华侨综合性社团肩负六项重任：创办华文学校；宣传、革除华侨陋习；开展互利互助；维护华侨权益，争取提高华侨在侨居国的地位；密切同祖国的联系；强化不同籍贯的华侨团结。如巴城中华会馆成立后，祖国和家乡每遇大事，必能听到巴城中华会馆的发声和看到他们的努力。1905年6月，巴城中华会馆就致电清政府，要求不要在美国政府提出的禁止向美国及其殖民地移民的条约上签字。巴城中华会馆平时也经常组织华侨欢迎来自祖国的考察团、代表团和使节，请他们向华侨发表演讲、介绍祖国形势。巴城中华会馆还规定，理事会必须由华侨中的四大集团，即土生华侨、福建籍华侨、广州方言华侨及客家方言华侨组成。1906年7月15日，爪哇各地中华会馆负责人云集三宝垄开会，决定成立“荷印（“荷属东印度”简称，即今印度尼西亚）中华总会”，作为所有侨团和侨校的中心组织。总会会务每年分别由巴城、三宝垄及泗水三市的中华会馆轮流主办。东南亚后来会成为辛亥革命海外大本营，与各地综合性华侨社团的成立和卓有成效的工作密不可分。
在东南亚各地华侨综合性社团成立之后，集众侨之力开办医院、学校、慈善机构等，华侨社会由此进一步完善，报纸也进入了历史上第一个大发展期，华侨报人群体形成有了可能。
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