19世纪以来，科学技术因其对加快经济发展和提高生活质量具有重要作用而越来越多地受到政府的重视。1985年，《中共中央关于科学技术体制改革的决定》的制定，拉开了我国科技体制改革的序幕。经过多年的努力与探索，从1998年起我国以科研机构分类改革为重点加大了科技体制改革的力度并取得一定成效，初步建立了较为完善的科技项目管理体制，科技产出情况也得到较大的提高。2006年，《关于国家科技计划管理改革的若干意见》的提出是我国科技管理工作的又一次重大变革，它不仅将当前科技计划管理中的管理水平与管理效率问题界定为解决的重点，而且还明确了科技管理实施的具体方向，即推进科技计划管理的公正、公开、规范和高效，构建符合社会主义市场经济体制和科技发展要求的“权责明确、定位清晰、结构合理、运行高效”的国家科技计划体系。
科学技术的发展以及科学技术对经济、社会、文化的影响，归根结底是通过科技项目实现的，特别是重大科技项目正逐渐成为解决重大科学研究和社会生产难题、推动经济发展和社会进步的重中之重。一般认为，973计划、863计划、国家科技支撑计划、国家科技基础条件平台建设、国家自然科学基金重大项目等国家财政稳定持续支持，以提供公共科技产品为主的国家科技主体计划，都属于重大科技项目。其中，国家自然科学基金重大项目和973计划分别定位于自由探索性基础研究和国家目标导向的战略性基础研究；国家科技支撑计划强调对国民经济和社会发展的全面支撑作用，加强集成创新，突出公益技术和产业关键共性技术开发；863计划以“发展高技术、实现产业化”为目标，强调自主创新，突出战略性、前瞻性和前沿性，重点加强前沿技术研究开发；国家科技基础条件平台建设项目突出资源共享，以研发基地和平台、大型科学仪器设备、国际科技合作、自然科技资源、科学数据和科技文献等建设为主要内容，为提高持续创新能力提供支撑陈省平，李子和与刘涛：《科技项目管理》，中山大学出版社2007.。
学科交叉项目和科技成果转化项目是重大科技项目的两种主要形式，其中前者可能孕育着科技发展中新的重大突破，也可能成为当代科学发展的生长点和高新技术的发源地，而后者则是促进科技与经济有效结合、利用科技推动经济增长和社会发展的直接动力。大专院校、科研院所、企业是承担重大科技项目的三大主体，而各主体之间相互合作则是开展学科交叉项目和科技成果转化项目的重要形式。其原因在于：大专院校/科研院所可能在科研条件的某个或者某几个方面具有优势（如人才储备、知识储备、基础设施、科研仪器），而在科研经费、科技成果转化等方面却有所不足；企业可能在资金资源储备与市场信息资源储备方面具有优势，而在科研条件上却存在不足；各合作主体之间相互合作既有利于资源优势互补又有利于项目顺利完成。为此，我国政府特别重视对重大科技项目中合作行为的引导。例如，中共中央国务院在《关于加强技术创新、发展高科技、实现产业化的决定》中提到：“加强技术创新、发展高科技，实现产业化，要注意技术的集成，促进多学科的交叉、融合、渗透，联合攻关，实现较高水平的技术跨越”；《国家自然科学基金项目指南》指出“鼓励本研究领域与相关研究领域进行实质性的学科交叉研究”；《国家火炬计划项目申报指南》指出“支持促进重大、重点科技成果的转移、转化项目，促进产学研结合的行业共性、关键技术转移项目”。加强对重大科技项目中合作行为的管理不仅有利于突破科技领域重大技术难题而且还有利于实现国家长远利益战略目标。可见，大专院校、科研院所、企业之间相互合作、共同参与项目实施，正逐步成为开展重大科技项目的重要形式。
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