（2）除货币以外，实物和无形资产捐赠很难享受税收优惠。在我国，捐赠的税收优惠针对的主要是所得税税种的减免，流转税则没有优惠。根据增值税法规定，企业进行的实物捐赠，不论捐赠对象，一律视同销售行为，需要依法负担相应的增值税和消费税。原本这是反避税的一项重要措施，并无可厚非，但是包括教育在内的公益性捐赠也不允许扣除，显然会抑制企业对教育事业捐赠。
（3）立法前后不一，捐赠企业无所适从。根据《关于教育税收制度的通知》第1条第八项规定，对纳税人通过境内非营利的社会团体、国家机关向教育事业的捐赠，准予在企业所得税前全额扣除。但是依效力更高的《企业所得税法》第9条规定，企业发生的公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分准予扣除，而非“全额扣除”。不仅导致捐赠者产生混乱，也不利于税务部门执法。
（4）捐赠方式严苛，程序复杂。事实上，捐赠者更偏爱直接将捐赠物或金钱捐赠给学校或受赠个人，现行的规定出于国家税收收入安全和防止洗钱等方面的考量，规定只有向特定的公益机构的捐赠才能获得法律法规的认可，获得相应的优惠，纳税人直接向受赠人捐赠则不允许扣除。较严的抵扣限制导致大量的捐赠得不到抵扣，而繁琐的抵扣程序加重了税收遵从成本，影响了纳税人的捐赠积极性，削弱了税式支出的制度效果。
完善教育捐赠税收优惠制度，可以利用税收优惠这一有力杠杆，对提供教育捐赠的企业和个人给予减税优惠，促进个人、企业、社会团体与政府共同分担教育成本。一是扩大公益捐赠的范围，并规定直接捐赠的税收优惠。不应将公益捐赠局限于向寥寥数家受赠机构的捐赠，可以规定受赠机构的认定制度，由公益机构提出申请，经民政部门认定后就可以作为公益捐赠的受赠机构。此外，直接向受教育者或者学校的捐赠，只要相关部门给予书面证明即应享受公益性捐赠的优惠，践行慈善理念不必囿于机构受赠。二是适当提高个人捐赠和企业捐赠税前扣除比例。
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