一、技术创新组织：技术扩散效应抑制本地企业自主创新能力提升
外资企业的进入虽然为集群内中小企业的技术学习和模仿创造了良好的条件，使集群成员得以通过跟随和模仿实现技术进步与产业升级，但集群企业对外资企业的过度依赖，往往会降低集群成员的自主创新能力，最终形成集群企业自主创新能力不足的路径依赖。
由于我国沿海区域本地企业创新能力相对匮乏，吸引外资企业的主要因素仍来自于劳动力、土地等成本因素，外资企业本地采购率比较低，主要的零部件仍依赖进口。在这种情况下，外资企业将创新活动集中在发达国家以及它们将技术市场内部化的事实，意味着位于发展中国家的分支机构可以引进绝大部分技术机密，除了必要的改进行为以外，它们只需要很少的研究活动。对于那些越来越多的有能力进行研发活动的本地企业而言，外资企业的实力太强有可能对除了适应性研究以外的技术基础的发展产生抑制的效果。而在集群经济条件下，由企业网络而形成的知识外溢与技术扩散效应降低了企业的搜寻成本和学习成本，使企业更容易通过学习和模仿获得先进的知识与技术，从而进一步扩大了创新投资的风险性与创新产品的外部性，本地企业进行自主创新的动机进一步减弱，而跟随与模仿的动机进一步增强，最终形成企业自主创新能力不足的路径依赖。
二、生产组织结构：领导效应易导致本地集群组织僵化
外资企业的进入将会打破集群区域原有的竞争均衡状态，带来更大的竞争压力和激励效应。由于外资企业通常是先进技术、管理经验和雄厚资本的代表，而且还拥有全球化的生产网络，因此通常会成为集群的“领头羊”。因此，外资企业的进入通常会改变原来的集群生产结构，形成以外资企业为核心，众多中小企业围绕核心企业进行配套生产和服务的基本生产结构。
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