1.产能结构性过剩问题突出，企业效益恶化
产能过剩在西方国家的成熟市场经济中并不会成为问题，因为市场能够自动调整供求双方的关系，使企业能够根据市场信号调整自身的投资和经营，从而实现供需平衡。然而，中国的市场经济体制改革并没有彻底完成，生产要素市场在运行中还存在很多障碍，在这种情况下，产能过剩问题成为了难以克服的顽疾。与传统产业类似，战略性新兴产业在发展中也同样出现了较为严重的产能过剩问题。然而，值得注意的是，战略性新兴产业的产能过剩指的是产能结构性过剩，也就是说，在部分低端产品领域，存在产能严重供大于求的情况，而在某些高端产业领域，产能不仅不过剩，而且严重不足，甚至需要大量进口来满足国内消费需求。产能结构性过剩的结果就是企业之间的恶性竞争，企业效益持续恶化，阻碍了企业的技术进步，不利于行业的健康发展。例如，由于中国光伏产业出现了严重的产能过剩问题，企业之间相互压价、恶性竞争，导致了很多曾经辉煌一时的企业面临亏损甚至倒闭。赛维LDK和无锡尚德两家企业曾经一度是中国光伏产业的领军企业，均为全球太阳能电池组件四大制2造商之一。然而，由于行业产能过剩导致价格战、国际金融危机以及国外反倾销等原因.目前这两家企业均面临严重的经营困难，无锡尚德甚至已经进入破产重组程序。另外，风电产业也面临严重的过剩问题。在产能大幅提升的同时，下游需求疲软、风电并网难等问题却使风电电量无法被有效利用，诸多风场被迫“弃风”，据估计，中国每年新增装机容量中超过六成都无法实现并网发电。在这种情况下，从2008年开始，中国风电机组价格几乎以每年1000元的速度下降，很多风电企业面临着很大的经营压力。从2011年开始，风电设备龙头企业华锐风电、金风科技等企业业绩均出现较大幅度的缩水，风电产业面临着较强的整合压力。
2.区域布局同质化严重，在全球分工中处于不利地位
在政策鼓励下，各地政府纷纷抢先布局战略性新兴产业，加大招商引资的优惠力度，打造战略性新兴产业基地。据统计，全国有27个省、市、自治区的100多个城市都提出要打造新能源产业基地，近80u/0的地区选择发展节能环保产业，超过90%的地区选择发展新能源、新材料、电子信息和生物医药产业，60%的地区选择发展生物育种产业，另有50%以上的地区选择发展新能源汽车。在这种情况下，中国战略性新兴产业的结构性产能过剩风险也在增加，不仅对资源、环境、土地、劳动力等生产耍素的供给造成了很大压力，而且不利于战略性新兴产业在区域上的分工协作，难以形成协调、完整的产业链和产业生态系统。同时，由于中国战略性新兴产业发展之初就是建立在全球产业产品内分工的基础上，中国企业往往处于全球价值链附加价值比较低的加工或者组装环节，通过提供大量低端的原材料产品或者从国外购买关键零部件进行组装实现企业规模的快速增长。很多所谓的战略性新兴产业，实际上技术水平并不高。例如，中国虽然有着很多大型光伏企业，但并不真正掌握关键技术。从光伏制造产业链中技术最密集的多晶硅环节来看，高纯度多晶硅的提炼技术主要掌握在美国、日本、德国、挪威等国家手中，国内多晶硅企业的技术来源主要是俄罗斯、美国、德国、意大利、日本公司的技术转让，其中俄罗斯向国内转让技术较早，但工艺相对落后。另外，多晶硅核心设备和关键技术主要掌握在发达国家手里，虽然大多数多晶硅生产设备已经可以从国内生产，国内企业经过多年的探索掌握了改良西门子法千吨级规模化生产关键技术，但技术性能、工艺等方面与国外先进水平相比仍有较大差距。
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