政府对于农业经济的微观运行介入极深。不仅仅是控制了市场体系的上层结构，或者从农产品或农资流通体系中分理出政策性业务并牢牢掌控起来，而且，政府还将本可以由农业经济组织或其联合组织自治的功能也代管起来，将本可以下放到县级及其以下层级管理的权力也集中起来。也就是说既限制行业自治，也限制地方自治。由于农业发展的主动权被政府抓在手里，政府的权力又集中到县级以上，那么农业经济组织要发展壮大，就必须要和各级政府与大小干部协调好关系，争取其放权或者授权。
我国的农业行政体制与工商业行政体制一样，都形成于计划经济时代，在走向市场化的过程中，工商业体制改革比较深入，很多部门变成了协会，或者被合并撤销，这种改革打击或削弱了部门利益，只是在国民经济命脉上保留了若干强大的行政机构。农业的地位非同一般，它是国民经济的基础，在走向市场化的过程中，农业行政体制基本没有被触动。当经济发展，蛋糕做大之后，农业相关的部门利益也就越来越膨胀。有人指出：“改革开放后，农村经济体制改革虽然比城市经济体制改革先行了一步，但由于政府的农业管理体制没有随之进行调整，致使农产品市场和农业要素市场仍然处在农业、林业、经贸、外贸、金融、劳动等不同部门的分割之中。同时，在新旧体制转轨期间，一些地方经常利用行政权力保护本地区利益，来自块块的市场分割也日益严重起来。”①这是一个很重要的观点，我们以前说我国是计划经济体制，好像铁板一块，其实不同领域里的计划程度是不同的。当时，经济里的计划比一般政府管理领域的集权或垂直控制要强，而工业行政管理的计划又要比农业行政管理的计划要强大。所以，我们可以发现一个比较悖论的现象，在所谓高度计划经济时代，以农村事务为主的县乡政府的自主能力比今天还要高一些。
尤其是进入以工促农以城带乡的新发展阶段后，农业行政体系里的资源聚集，更加引爆了部门和干部利益的扩张。正如陈林所概括的那样，我国当前已经形成了所谓的新三农问题：农民、农资（资本）、农官（干部）①。笔者所说的农官，不仅指农业行政管理体制，还特别突出干部利益集团的存在。农业领域里的干部利益不仅仅是以部门利益的方式出现的，而且也是以干部的私人利益出现的；这种干部私人利益不仅仅是以个体利益出现的，而且常常是以集团利益出现的。最直接的表现，就是90年代中期以来的四荒地拍卖以及集体林农场改制过程中的干部占有现象，以及农业产业化龙头企业中普遍存在的干部入股问题。一种为王亚南当年所批驳的“官商地主高利贷”一体化的官僚政治形态②正在更高能量级上复活。这个由于变质而形成的所谓新体制，对于小农的新型合作化道路或者新型组织化道路带来的最大挑战是：当小农合作组织还没有能力摆脱如何在市场上生存下去的巨大困境时，又不得不面对如何在官场上生存下去的严峻考验。
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