行政许可制度有利于有效配置资源。在市场经济条件下，市场是资源配置的一种基础性手段，能够有效地配置各种社会资源，但在一些市场不起作用的领域，有效利用资源必须借助于政府其他管理手段。行政许可作为一种行政管理方式，可以解决市场在资源配置中的不足，加强国家宏观调控，保护自然资源，维护人类的生存空间，对资源进行公平、合理、有效的配置。
行政许可制度有利于防范危险行为。这是行政许可最主要、最基本的功能。从管理学角度分析，对可能发生的系统性问题采取事前监督管理方法，可以避免或防范某些危险。行政许可属于事前监督管理方式，主要是通过事先规定一定的条件，对可能发生的系统性问题提前设防，防范某种危险的发生，以维护国家、社会和每个公民享有的自由、安全、平等和福利等基本权利。
行政许可制度有利于防止侵权行为。在复杂多变的经济社会生活中，为了稳定社会关系，提供某种预期，确认某种权利，需要政府以行政许可的方式，向社会提供证明或者信誉、信息，以公信于众。从行政管理相对人的角度看，行政许可作为由相对人提出申请，行政机关审查后作出的许可或者不予以许可的行为，承担具有约束力的义务，有助于澄清目前存在的有关法律的不确定性，可以在法律上使申请人减少受行政机关侵害的风险，使自己及时预见所从事行为的后果。
行政许可是行政机关的行政行为和决策。经行政许可，公民、法人或其他组织便可对其申请的活动作为，未经行政许可，则对其申请的活动不可以作为。行政机关对公民、法人或其他组织的申请许可与否是一项慎重的决策，必须依照法律法规办事，这就是行政许可法。2003年8月27日十届全国人大常委会第四次会议通过了《中华人民共和国行政许可法》，该法于2004年7月1日起施行，是中国的第一部行政许可法，也是世界上以单行法形式颁布的第一部行政许可法。行政许可法对行政许可的设定范围、种类、程序以及行政许可的检查监督、收费等都作出了明确规定，将政府的行政许可和行政管理工作纳入了法制化、规范化的轨道。该法所确定和确立的一系列规则、原则和制度，有助于各级政府和广大公务员更新观念，树立正确的管理理念，增加制度变革和创新的自觉性和主动性，并以此为契机和突破口，实现政府管理的根本转型。
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