（一）因订立、履行、变更、解除和终止农村土地承包合同发生的纠纷。农村土地承包合同，是发包方与承包方确立农村土地承包关系、明确双方权利义务的协议。在坚持农村土地集体所有的前提下，按照农村土地承包程序，由发包方将农村土地发包给承包方，并签订承包合同，确立农村土地承包关系。发包方与承包方订立、履行、变更、解除农村土地承包合同的全过程，也是农村土地承包关系确立、履行、变更、解除的全过程。在这一过程中，每一个环节因农村土地承包经营发生纠纷，其调解仲裁均适用农村土地承包经营纠纷调解仲裁法。
（二）因农村土地承包经营权转包、出租、互换、转让、入股等流转发生的纠纷。承包方依法取得的土地承包经营权受法律保护。根据《农村土地承包法》规定，承包期内，可以按照依法自愿有偿原则，采取转包、出租、互换、转让等方式流转，可以采取入股方式发展农业合作生产；通过招标、拍卖、公开协商等方式经依法取得的土地承包经营权可以采取出租、互换、转让、入股、抵押等方式流转。转包是指承包方将部分或全部土地承包经营权以一定期限转给同一集体经济组织的其他农户从事农业生产经营。转包后原土地承包关系不变，原承包方继续履行原土地承包合同规定的权利和义务。接包方按转包时约定的条件对转包方负责。出租是指承包方将部分或全部土地承包经营权以一定期限租赁给他人从事农业生产经营。出租后原土地承包关系不变，原承包方继续履行原土地承包合同规定的权利和义务。承租方按出租时约定的条件对承包方负责。转让是指承包方有稳定的非农职业或者有稳定的收入来源，经承包方申请和发包方同意，将部分或全部土地承包经营权让渡给其他从事农业生产经营的农户，由其履行相应土地承包合同的权利和义务。转让后原土地承包关系自行终止，原承包方承包期内的土地承包经营权部分或全部灭失。互换是指承包方之间为方便耕作或者各自需要，对属于同一集体经济组织的承包地块进行交换，同时交换相应的土地承包经营权。入股是指实行家庭承包方式的承包方之间为发展农业经济，将土地承包经营权作为股权，自愿联合从事农业合作生产经营；其他承包方式的承包方将土地承包经营权量化为股权，入股组成股份公司或者合作社等，从事农业生产经营。抵押是指通过其他承包方式经依法登记取得农村土地承包经营权证或者林权证等证书的权利人，将土地承包经营权作为债权的担保。该土地承包经营权人不履行债务时，债权人有权依法以该土地承包经营权折价或者以拍卖的价款优先受偿。根据《农村土地承包法》规定，农村土地承包经营权流转应当签订书面合同。实践中，签订土地承包经营权流转合同的，应当将土地承包经营权流转合同纠纷归类并从属于土地承包经营权流转纠纷，纳入农村土地承包经营纠纷调解仲裁法的调整对象。
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