3.案件管理中心机构运行。主要应处理好以下关系：
（1）对内对外关系协调。案件管理部门运作过程中除了要处理对内与检委会和多部门的关系外，还要处理对外与公安、法院、看守所和上级案件管理部门的关系，特别是在对外关系中经常会碰到由谁出面协调解决的问题。在追求执法规范化的共同目标下，我们认为，案件管理中心应当紧紧立足自身定位、恪守到位不越位原则，这是成功处理对内对外关系协调问题的关键。一是在处理对外关系上，明确案件管理中心只负责送达程序的协调和制约，对于案件流程管理中碰到的其他程序问题则由案件管理中心收集后统一交由相关业务部门处理，这样既尊重各业务部门的职能，又由于业务部门具有相应的诸如立案监督、审判监督等制约手段可保证问题顺利解决；二是在处理与检委会关系上，案件管理中心虽直接对检委会负责，但始终要注意处理两个关系：一方面，用足检委会赋予的职能与权限，尽量自行协调工作中存在的矛盾与问题，不轻易把问题上交检察长和检委会；另一方面，对于超越案件管理职权或涉及全局性的问题，需由检委会讨论决定的，则不自行做主，而是提交检委会讨论决定后通知各业务部门执行。
（2）与检务督察关系。现行的案件管理机制是对原有检务督察制度的进一步发展和深化，都属于加强检察机关执法规范化范畴，高检院案件管理办正式运行后，执法规范化工作都交由案件管理办来牵头负责，因此，二者完全可以实现有效融合。一是监督内容方面。从监督内容看，案件管理与检务督察在监督内容上存在交叉，对案件的检务督察侧重点在重点案件和重点环节，包括实体和程序督察，进而实现管人的目的，案件管理中心的监督覆盖检察机关办理的所有案件和所有执法环节，但监督侧重点在程序方面，是否开展实体监督，目前存在争议。如果把对案件督察这方面内容合并到案件管理部门，则可以有效解决争议。二是机构、人员配置方面。案件管理与检务督察的融合是有效整合内部机构、人员的需要，避免机构重叠、人力资源浪费的需要。三是监督手段方面。长期以来，检察督察工作由于没有建立有效的信息平台和缺乏监督手段支撑，长期受督察线索少、督察的范围和空间有限的困扰，不能及时发现执法办案过程中存在的问题。案件管理机制则依靠有效的办案系统等信息手段，能够实时、有效地对执法办案进行监督。四是工作延续性方面。检务督察与案件管理的一味分离或成立案件管理后就对原检务督察的背弃两种极端都应该避免，都不是科学的做法。
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