目前，我国知识产权诉讼机制仍然存在司法机构设置层次不清，多头审判的混乱。只有中级以上法院设立了专门的知识产权庭，少数基层法院设置了知识产权庭，还有部分地区根本就没有专门的知识产权审判机构，对知识产权案件的管辖参差不齐。在对专利争议的管辖中，目前仅有70家中级人民法院有管辖权，大多数法院没有管辖权，并且由于知识产权争议标的数额不同而由不同级别的法院管辖，这种级别管辖的规定又分别由各高级人民法院确定，导致争议当事人起诉困难。另外，我国不少法院虽然建立了统一的知识产权庭审理知识产权民事、行政和刑事案件，但是存在不同性质案件的审判管辖问题难以解决的困难，而且我国大部分地方知识产权案件的审理还是由民庭、刑庭和行政庭分别审理，三大系统之间缺少合作与交流，致本来应当统一的知识产权司法尺度，未能实现统一、稳定和准确。
（二）知识产权审判人员配置不足、专业化程度不高
知识产权法官的素质及审判能力是保障诉讼公正、公平、权威和高效的关键，但是总体而言，我国知识产权法官人数总体较少，且专业化程度不高。虽然已经初步形成一支审判知识产权案件的专业法官队伍，但其离社会的要求与期望还有相当距离。知识产权案件专业性强、社会关注度高，具有很强的国际性，许多案件涉及复杂疑难的技术问题和法律问题，审理难度较大，人才培养周期较长。各级法院审判组织配置、人员调整、工作部署和业绩考核中还存在很大的问题。主要存在的问题有：
一是专业法官数量不足。在经济相对发达地区的法院因为受编制的限制，尽管知识产权案件很多，且呈快速上升趋势，但是法官数量却很有限，造成法官疲于办案，往往出现为了完成工作量，只求数量不问质量的现象，使案件审理出现纰漏。并且在知识产权诉讼案件的裁判过程中，由于案情复杂，证据多样，牵涉多个当事人以及多个诉讼程序，法官是不能也不可能在相对集中的时间里一次性完成相关争议的审理，开庭审理时间的间隔经常是数星期甚至数月，而法官在同一时间段内需要同时处理多个类型不同的案件，时间和精力的有限性导致法官处理知识产权案件并不能实现最佳的效果。
二是专业法官分布不均。在经济较发达且知识产权争议案件多的地方，专业审判的法官相对较集中。
三是专业法官流动性大。在全国审判知识产权案件的专业法官队伍中，连续工作10年以上的数量很少，达不到1／5，5年以上的仅占1／3左右。
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