现阶段我国劳动人事争议面临的新形势，使两种仲裁制度整合面临多方面的压力和考验。目前我国正处在改革发展攻坚的关键时期，在经济体制深刻变革、经济发展方式不断转变、社会结构发生变动、利益格局进行调整、思想观念深刻变化的条件下，劳动关系发生了重大的变化。随着事业单位分类改革的进行，劳动人事争议中劳资双方的矛盾在发生质的变化。在这种形势下，整合劳动、人事争议处理机制，尤其是在制度上进行整合，将引起劳动人事仲裁制度的深层改革。如何积极稳妥地处理劳资矛盾，尤其是劳资关系转型下新型劳资矛盾的处理，是两类仲裁制度整合的一大挑战。
机构改革一般都会遇到人员编制问题，劳动人事争议仲裁院建设推进缓慢也无法幸免。笔者通过调研发现，目前将二者整合在一起的省市不多，可能还不到全国的一半，整合进度较慢的一个重要原因就是人员如何安排。如果只是简单地将两个机构相加，达不到整合的深层次目标；如果将两者有机结合在一起，可能导致部分在编人员不能保留原有的岗位，甚至不能保留原有的编制。如何处理这种整合带来的问题，除了增加编制外，笔者认为对仲裁员的身份重新定位也很重要。在以往二元体系下，仲裁机构工作人员的身份性质就比较混乱，有的地方是公务员，有的地方是事业单位人员，有的地方是合同聘用人员，笔者认为，这次整合可以进一步地理顺仲裁员队伍，仲裁工作人员可以根据工作性质的不同而具有不同的身份，但应尽量避免由于身处不同地区或者处理劳动、人事争议而导致身份的区别。
关于争议处理所参照的实体法，在前文的发展历程部分，笔者已经简单介绍到，劳动争议处理的实体法从最初的《劳动法》，到2008年后的《劳动合同法》《就业促进法》及一些司法解释、部门规章政策，也就是说在处理劳动争议案件的时候，可以很容易地找到相关法律规定，如工资、工时、加班等争议，该如何去仲裁甚至判案是有法可依的。而人事争议仲裁，一直游离在法律调整之外，国内法律理论界对这个问题的研究也比较少，从过去的案件处理来看，更多的是运用政策指导，甚至是地方文件，这不符合依法仲裁的原则。所以如何填补这一块的空缺，是整合二者的一大困难。
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