《政府机构成本管理》的结构上，共分为十一章。其中，第一章绪论对政府机构成本管理的理论基础、实践探索和主要思路进行背景性的介绍。第二章机构设置成本管理包括边界成本、横向成本、纵向成本等三个方面。首先从政府干什么人手，通过厘清政府与市场、政府与社会的边界，把不该管的事情交给市场和社会，缩小政府机构规模，减轻政府机构工作负担，这既是政府治理变革的要求，也有一个从微观管理向宏观管理、从直接管理向间接管理的发展思路问题；然后从打造协同政府人手，对一级政府之中各个政府机构的设置和运行状况进行综合分析，进而探讨政府机构之间职能调整、业务优化及人员整合等问题；最后从单一制和联邦制下不同国家结构形式的比较分析入手，对调整中央与地方财权和事权关系等问题进行深入研究，进而探讨在交通便利化、数字信息化的新时代下，扩大政府机构管理范围、优化纵向政府机构规模等问题。
第三、四、五、六章分别为机构人力成本管理、公务消费成本管理、机构资产成本管理、服务保障成本管理。这4章有两个共同点：一是按照预算的经济用途划分。也就是说，财政投入到政府机构的钱，用在哪些具体的开支项目上了，是出差开会了，还是购买资产了，等等。这些开支项目所隐含的政务活动，是政府机构实现功能目标的基本保障。二是与政府自身运行相关，不包括政府机构附属的事业单位和直属的法人组织。也就是说，财政投入到政府机构的钱，其公务人员到底花了多少，怎么花的。至于转拨到下层单位的钱，政府机构无须管到具体项目，重点要通过限制成本总额、考核绩效目标等进行宏观管理。
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