入户门楼为砖雕过道式，墀头砖雕饰草龙、狮子、麒麟、大象和鳌头图案。门楼木制梁架，前檐垂柱造，由穿梁、穿枋和插柱枋挑出三层木雕花牙板。门外两侧墀头墙嵌圈口，饰卷草，风格粗犷，是活佛府及重要殿堂人户门楼中常见的装饰方式，有的位于柱中，有的位于柱外侧。
大门设于前檐柱间，对开实榻门，门洞较长，两侧墙壁上绘有老虎、狮子壁画。居前起脊，前坡为筒瓦屋面，后坡为藏式平顶结构，脊部有二龙戏摩尼珠和牡丹花卉等砖雕图案。
与赛赤和拉科活佛府近似，嘉木样活佛府进门后为外院，窄长，延伸至左右，形成外院两侧廊道，即活佛府中常见的“达拉院”（牲畜院），据访原有马厩等附属设施，现已荒废，建筑遗迹无存，只有院落东侧围墙上还隐约可见房屋构筑的痕迹。后院亦未发现建筑遗迹。从正院和侧院有角门相通的组成形式和植有菩提树的状况推测，该院应是府邸的后花园。
2.2 内院
内院为由过厅前后相连的两进四合院，左右建筑基本对称。二进门楼是内院的正门，也是一座砖雕过道式门楼，其建筑手法和雕饰风格与一进院门楼基本一致。面阔、进深各为一间后出廊。墀头墙下肩淌白细砌，上部砖雕精美，饰有金翅鸟、牡丹（图3）等图案，风格和形制与其他活佛府的门楼相似。门洞两侧墙壁上绘有大象、狮子为题材的壁画。门楼左右与倒座房相连。
1）下院：穿过二进门楼即是内院的一进院落即下院。院内两侧厢房皆面阔五间，进深两间，单面出廊，前廊为单步梁构造，屋内梁架前后分别采用抬梁造和插梁造两种做法。西厢房檐柱比例纤细，柱头之上檩、垫、枋皆备，有假棋头衬于檩、枋之间；柱间有额枋贯穿，无雀替。前檐装修整体框架尚存，两次间辟门，其余各间设槛窗，后墙为夯筑。东厢房为后期改建，前檐柱比例略显粗壮，施大小雀替。下院后部为过厅。内院门楼、倒座房、东西厢房和过厅围合，组成了回廊式的四合院，建筑皆为平顶，向内排水。这种布局形式是活佛府中常见的建筑组合形式。下院建筑仅做断白，不见彩画。从其建筑形制和装饰等级来看，倒座房应是府邸的厨房和堆放杂物的仓库，东西厢房应是府邸中侍僧所居之处。
2）过厅：过厅处于上下院之间，前后出廊，装饰有别。前檐无彩画，后檐则与上院彩画风格一致，尽显华丽之风。过厅连接上、下院，是活佛府中常见的院落衔接手法之一，如阿嘉、赛朵、排嘉等活佛府等等，其实也是为了增加上院的私密性。
过厅面阔五间，进深三间，三架梁前后对接单步梁，平顶两出水。明间前后金柱间置屏风桶扇门，现仅存后屏风门。前檐次、稍间设槛窗，后檐此间则以墙封堵，绘蒙古王公礼佛壁画（图4）。前后廊尽端设廊心墙，墙心线绘栀子花图案。
3）上院：上院为府邸的中心和建筑精华所在。与下院不同的是，四周建筑满饰彩画，其中不乏沥粉贴金和龙凤图案。院落由正殿、东西厢房和过厅构成封闭的四合院，院内海墁青砖，中部有甬路与正殿相连。
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