当前，我国民营企业就投资结构而言依然存在许多不合理性。民营企业投资的主战场依然集中在传统产业，投资领域局限于技术和市场较为成熟的劳动密集型产业，例如传统加工制造业和传统服务业等，整体表现为技术含量少、准入门槛低而且竞争较为激烈等特点。而对于那些科技含量高的资本密集型行业，例如电子通信、新能源新材料、金融贸易服务业等，民营企业的投资比重依然较低。导致民营企业资本投向结构不合理的原因主要有：
（1）由于我国要素察赋的特点，劳动力供给充足，劳动力成本相对较低，为了追求短期效益，民营企业存在偏好增加利用劳动力而忽视技术升级和创新研发的短视投资行为。
（2）部分产业对民营企业来说存在较高的进入壁垒，从而导致民营企业的投资渠道狭窄。改革开放以来政府主导下的垄断投资局面虽然被逐渐打破，但国有经济成分依然控制着部分产业的市场供给，并渐渐塑造了严格的市场准人壁垒，例如金融、铁路、邮政、通信、电力等效益高的投资领域几乎全部由国有经济单位占领，形成实质性垄断，使得民营企业难以进入这些具有较高预期收益或稳定收益的投资领域。虽然某些行业明文允许民营企业进入，但由于既得利益企业（国有或国有控股企业）不愿意民营企业分享既有的垄断收益，而采取联合抵制的方式，民营企业投资依然难以进入。例如中央政府以明确允许其他经济成分进入铁路运输行业，但实际上民营企业根本无法真正享受这一政策，还有国有航空公司多年来对民营航空公司的联合打压也是一个鲜明的例证。
（3）当前我国民营企业投资分布还存在着严重的区域不平衡现象。民营企业投资在东部沿海省份发展活跃，例如浙江、江苏和广东三省，而中西部地区的民营投资却相对落后。东西部地区民营企业投资状况的巨大差距，可能恰是导致西部地区经济活力远远低于东部地区的一个重要因素，而经济活力不足必然会导致经济效率低下、民营企业投资运营成本增加，落后的民营经济氛围必然无法吸引资本嗅觉敏锐的民营企业家，这将进一步恶化民营资本投向的地区不平衡。
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