在实际过程中，我们已经开始使用了，在控制海南省斑点热传播过程中，我们利用DNA条形码的技术，搜集了很多鼠种，对于鼠进行测试，并且作了系统分析。从系统发育树可以发现，海南屋顶鼠可能不是典型的屋顶鼠，这可能是检验一个很大的问题，应该非常关注类似问题。最近，我们在云南发现一个新的鼠疫发源地，经过两年的DNA条形码工作鉴定后，才知道这个物种根本不是我们原想的物种。还有很多物种是隐形种，或者是亚种，有的个体现在没有鉴定出来，我们也遇到了很多困难。
在常规病媒生物监测和疫源地调查和疫情处理过程中，需要在现场处理大量的标本，但标本的鉴定不能做到细致准确，这是很大的问题。全国曾经有1万人在从事媒介生物监测，但是这里面真正能分类的不到1％，而这1％的分布也是很不均衡的，大多在大的城市，或者是省会城市，在这么短的时间内不可能有很多的分类学家到现场去工作。现在越来越要寻求一种对于分类专业依赖性较小的技术，而DNA条形码技术是一种非常好的或者是极具潜力的技术，这就是我们要强调的。
DNA条形码技术可以用于标本和样品的准确鉴定和分类，也可以作进一步的分类调查，到底这个物种是不是媒介或宿主。随着分子生物学技术成本不断降低，通过基因序列分析进行标本的鉴定将成为主要手段。一开始成本过高，在发达地区进行应用，成本逐渐降低以后，我们可以比较广泛地应用。我国的疾病系统每年都要有大量的媒介生物标本和样品需要进行鉴定，DNA条形码主要建立条形码数据库，每年搜集到这么多的标本，对条形码数据库的建立是非常有利的。
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