尽管在哺乳动物细胞和整体动物水平破坏特定基因要比在酵母中困难得多,但还是可以实现的。标准方法是进行同源重组,即在体外培养的细胞中,利用特异的DNA载体来靶向破坏或敲除(knock out)目的基因。这种流程最常用于培养的小鼠胚胎干细胞(ES细胞)中,采用转基因技术最终可以获得靶基因敲除的小鼠品系。这种技术可从整体动物水平评估基因缺失所带来的影响。因此,在研究那些参与细胞增殖和癌症控制的细胞周期调节蛋白时,这种技术特别重要。破坏特定基因在单个细胞中的作用也可在原代培养的细胞中进行分析,这些细胞通常是取自转基因胚胎的成纤维细胞。
尽管如此,破坏基因并不能用来研究那些对细胞周期进程特别重要的基因产物。尽管RNAi有时是一种非常有用的方法,但目前在小鼠或哺乳动物细胞系中,还没有简单的方法可以用来制备这些重要基因的条件性突变。总而言之,应用严密的遗传学方法来确定哺乳动物重要基因的正常功能仍然是十分困难的。
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