六朝时期宫殿亭台在大院的具体位置不好确定，但皇家宫苑的痕迹还是有的。在20世纪初的南京地图上还可以看到，大院及周边有不少水域，如太平湖、黄家塘等，更早史料亦有大行宫一带多水面的记载，这些水域最早就是当年六朝皇家园林在大院及附近遗留下来的。这也就难怪为什么大院自明朝以来，有明汉王府花园、明武定侯竹园、江宁织造署花园、乾隆行宫、清督署花园、太平天国东、西花园及后林苑等众多园林，这些都是后人根据前朝遗留下的地形地貌，因地制宜，不断结合当时政治经济加以营造传承的结果。
隋军灭陈后，为了削弱南京（建康）的政治、军事影响，将六朝金粉之地“平荡耕垦”，还通过多种措施破除建康的“帝王之气”。到了元代，台城遗址的状况是“尽为军营及居民蔬圃”。台城结束了光彩华丽的篇章，如同皇帝变成了农夫而从此没落，残留韵金砖玉瓦、高坡池塘经其后八百年的坎坷战火、荒芜耕作，以前的皇家气派慢慢地消退无踪了。正如杨修之有诗云：“六朝遗迹好山川，宫阙灰寒草树烟。”
总统府大院披上了六朝宫闱的神秘面纱。也许正是因为此等的上风好水，才会有从明代开始的府邸宫殿、官衙国府。
总统府大院，是六朝宫城所覆盖的“风水宝地”。朱元璋定都南京后，没有选址在六朝宫城上建宫，而定在当时较为偏僻的东部地区，原因有三：其一，六朝宫城虽有300多年历史，但大多为短命王朝，除东晋略过百年，其他都只有几十年，最短的只有24年，六朝后的南唐也只有39年，而且都是偏居江南一隅的小朝廷，朱元璋觉得继续在前朝遗址上建宫不吉利。
其二，南京地处江南富庶之地，经济发达，人口稠密，特别是老城区，前朝宫城原址过去的“皇家风范”早已荡然全无，却已是百姓人家聚居之地，居民众多，交通不便，不便于大规模地新兴土木。
其三，朱元璋的心腹军师刘伯温，根据明朝新建城墙的形状、13座城门的位置，勘定龙首之位在中山门内的燕雀湖一带。这里虽地势低洼，但不失为皇城的“最佳”选址。
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