后来，成吉思汗（1162-1227年）统一全蒙古，建立起横跨欧亚大陆的蒙古帝国之后，称自己的家族为黄金家族，所有姓博尔济吉特的兄弟子侄，都成了黄金家族的成员。元朝灭亡之后，博尔济吉特氏被视为成吉思汗的圣裔，仍在蒙古族中享有崇高的地位，被崇拜、甚至被神化。蒙古大汗及各部首领，都尽量选拔博尔济吉特姓氏的人员充当。布木布泰娘家所在的科尔沁部，便一直由博尔济吉特家族控制，部长、台吉等都由博尔济吉特氏的成员担任和继承。布木布泰的先祖、元太祖成吉思汗铁木真的二弟合撒儿，和哥哥一起度过苦难的童年，一起习武狩猎，长大成人。他自幼身体健壮，勇猛超人，而且箭法高强。合撒儿一心做哥哥的臂膀，承担重任，在征战中屡立奇功，为统一蒙古草原、创建蒙古帝国的大业，辅佐哥哥铁木真登上大汗宝座，做出过重大贡献。
然而，成吉思汗不仅对二弟毫无感激之情，反而出于狭隘的权力独占欲和怀疑心，时刻提防合撒儿功高震主，势大篡权，竞以怨报德，处处压制、排挤，甚至企图谋害这位忠于自己的亲弟弟。
1206年，成吉思汗建立大蒙古国，原先分布在大漠南北的各蒙古部族都统一在大蒙古国的统治下，按照“千户”的形式组织起来。成吉思汗遵循他的“黄金家族共同管理兀鲁思（领地、管辖区域）”的原则，由他本人直接统治帝国中央的95个千户，而将帝国的西部封给诸子，东部封给诸弟。合撒儿的封地在额尔古纳河流域及海拉尔河下游和靠近呼伦湖附近的地方，位居蒙古帝国的东北部边陲（今内蒙古自治区东北偏西的地区）。这样，合撒儿及其子孙又重新回到他们远古祖先居住和生活的地方。
分封领地的同时，又分伊尔坚（百姓）。根据《蒙古秘史》记载，成吉思汗诸子分得的百姓是：长子术赤9000户，次子察合台8000户，三子窝阔台和四子拖雷各5000户。而合撒儿只分得4000户。
合撒儿不仅受到不公正的待遇，还不时遭受欺凌和迫害。一个萨满教巫师和他的六个兄弟，无端地捕捉合撒儿吊打。事情发生后，成吉思汗不仅不保护自己的二弟，反而听信巫师挑拨，拘捕审讯合撒儿，欲置之于死地。幸亏母亲诃额仑闻讯赶来为合撒儿解围，怒斥成吉思汗忘恩负义，伤害一奶同胞。成吉思汗见谋害不成，便背着母亲削减他的部众，仅留给1400户。
合撒儿是一条坚强而有理智的男子汉，当然不会被压倒。他既不气馁、不屈服，也不与长兄进行无益的争斗、仇杀。他像草原的雄鹰。展开双翅，在暴风雨中翱翔。领地虽然偏僻、荒凉，但森林茂密，野兽繁多，很适合狩猎生活。他带领家族成员披荆斩棘，拼搏在崇山峻岭，自春到冬，天天逐猎，以求生存和发展。后人代代如此，自幼生长在鞍马间，人自习战，勇猛健壮，使蒙古族固有的淳朴和勇武性格得以保持和发扬。在蒙古帝国中受压抑的处境，使合撒儿及其后代，一直严谨图治，不骄奢放’纵，历练出一代又一代勇于苦战奋斗而刚毅不屈的科尔沁人；也埋下了其后代科尔沁等部与新兴的满洲结盟，反抗昏庸蒙古大汗的种子。
科尔沁，在今天的中国地图上，是内蒙古自治区辖区内的地名。而在历史上，它先是对合撒儿后代的称呼，接着演变成部落名称，后来才成了地名。科尔沁是蒙古语，赞美的称呼，汉译“箭筒士”、“带弓箭的人”。意思是说科尔沁部众都是弯弓跃马的英俊勇士。
这一美称的出现，曾历经漫长的历史过程。合撒儿家族最初仅40人左右，到忽必烈时代，发展到800人。由于合撒儿的后代及部众继承、发扬了他的高超武功和优良传统，到他的十一世孙西古苏台时代，“箭筒士”或“带弓箭的人”，便成了合撒儿领地内所有百姓的共同美称，并进而演变成其部落的名称。而西古苏台便被称为“科尔沁王”。
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