威廉斯在罗得岛进行了重大的社会改革，实施了宗教自由和政教分离等民主原则，坚持和平协议解决争端。他深信，自由是对一切人的自由，不应区分种族信仰，贫富贵贱。他不仅容忍新教内部的不同派系，尊重其信仰自由的权利，而且把这一权利推广到一般新教徒所不能容忍的天主教、犹太教乃至异教。贵格会友在马萨诸塞受迫害，威廉斯不顾个人好恶，毫不犹豫地接纳了他们，罗得岛成为北美大地上第一块享有法定宗教自由的乐土。威廉斯对印第安土著也十分友善，尊重他们对自己乡土的所有权，向他们购买土地来建立殖民区。他还认真研究印第安人的语言，写出了第一部有关专著，充分表现出他对种族平等的民主态度。
为了保障罗得岛不受其政教合一的北邻的干涉威胁，威廉斯于1644年从同情他的英国国会那里获得建立罗得岛殖民地的特许状。在英逗留期间，他发表了著名的《镇压良心的血腥教条》一书，集中表达了他的宗教和政治观点。该书一发表便激怒了马萨诸塞当局，其宗教首领科顿著文反驳道：《圣经》中上帝的话如此清楚明了，任何人都足以被说服。如果一个人固执己见，那就不是出于良心，而是违背了他自己的良心，因此惩罚他并非镇压良心，而是镇压违背良心的罪恶。威廉斯和科顿写了好几百页的文字进行针锋相对的辩论。《镇压良心的血腥教条》标志着殖民地清教思想一次最重大的发展，成为美国民主进程中的一个里程碑。
在《镇压良心的血腥教条》一书中，威廉斯彻底否定了以暴力解决宗教争端的做法。他认为在宗教战争中千百万新教徒和天主教徒为各自良心所洒的鲜血既不为耶稣所要求，也不为耶稣所接受。《圣经》反对迫害良心，然而某些人，其中包括加尔文以及新英格兰的教会，却反其道而行之。他们企图维护迫害异端的理论，尽管历史已经证明这一理论是造成一切冤魂血债的祸端。威廉斯进一步指出，凡行政机构及其官员都不是精神问题与宗教事务的裁决人或监护人，不得对之进行干预。上帝的意志是允许一切民族和国家中的所有异教徒，犹太人，反基督徒的良心与崇拜。若与他们斗争，只能使用一种武器，那就是《圣经》。上帝并不要求政府强行统一宗教，因为这种统一正是战争的根源，它摧残了千百万心灵，使之虚伪变形。基于清教关于人类堕落和性恶的理论，威廉斯不仅认为政府无权规定什么是真理，教会也同样无此资格。他不能接受清教领袖自认掌握真理的狂妄态度，更反对用刀剑强迫人民接受某种信仰。强制性的信仰不是发自内心，也就不成其为信仰，而是对基督教原则的否定。如果教徒必须接受教会对《圣经》的解释，那么新教允许教徒自己阅读理解《圣经》的做法岂非多此一举？他的结论是，只有允许宗教自由，才符合上帝意愿，才是国泰民安的根本保证。
从一开始，基督教历史上就没有停止过迫害异端。宗教之争，神学之争，分了多少派，斗了多少年，死了多少人！西班牙宗教裁判所在三百五十年中估计活活烧死约3万人，其他各种被惩处者更不计其数，这一切都是在拯救灵魂，捍卫真理的名义下完成的“业绩”。毁灭异端的肉体以“拯救”他们的灵魂——这就是教会的“爱的行动”。
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