“本孔子之学”：孔子之学是中国古代学术的起点和后世追慕的典范，中国几千年的学术基本上是在从各个不同角度阐发孔子的思想观念。这种阐发最初以汉学为代表，坚持考据训诂，力图还原孔子学说的真相。此后在宋代转向心性之学，以“悟道”或“格物”为途径领悟孔学真谛，从而在中国传统学术史上开创了汉学与宋学之分。其实无论汉学、宋学，都以阐发儒家学术为主，无论考据训诂，还是程朱理学，都从孔子那里派生出来。对于汉、宋关系，朱在给友人的信中提及著述情况时说：“欲仿黄梨洲《明儒学案》辑一书，以著我朝一代儒宗，原不欲分汉学、宋学。”①朱次琦兼采汉宋的最终目的是要把学术指向孔子。康有为对朱次琦极尽溢美之词时曾说他“扫去汉宋门户，而归宗于孔子”。②朱次琦的理由很简单，孔子无所谓汉、宋，所以汉学、宋学不过是后来儒者推演儒学的结果。既为孔子所无，汉、宋之分即为谬学。
不过，如前所述，朱次琦在汉、宋之间还是侧重宋学。朱次琦自从山西襄陵挂印而归后，隐居讲学，虽屡次受邀，坚辞不就。不出仕为官尚不足道，但学海堂创办者阮元邀请他做学长，他也坚辞不就，这只能说学海堂与他的学术志向大异其趣了。阮元是清代著名考据学大师，考据学自是学海堂的基本学术取向，朱次琦显示的当是不主张考据训诂之学，否则，他不但会接受邀请，而且“五学”中也一定有考据学的位置。
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