《理学丛书：困知记》是批判心学、改造理学的重要著作，对於研究理学演变史具有重要价值。写此书的目的是继承儒家的传统，批判各种似是而非的理论。其中，主要批判佛教唯心论和王守仁的良知说，同时批判地改造程朱理学。在理气、道器、“理一分殊”、“格物致知”等问题上，提出了重要的唯物主义思想。在天理与人欲问题上，批判了“存天理，去人欲”的理论，提出了理欲统一的学说。对於明清之际唯物主义思潮的兴起起了重要作用。

前言
困知记序
卷上（凡八十一章）
卷下（凡七十五章）
续卷上（凡八十章）
续卷下（凡三十三章）
三绩（凡三十六章）
四绩（凡三十一章）
附录
论学书信
与王阳明书
又
答允恕弟
答黄筠谿亚卿
答欧阳少司成崇
又
答刘贰守焕吾
又
又
答陈静斋都宪
又
又
答陈侍御国祥
答刘贰守焕吾
复张甬川少宰
答陆黄门浚明
答林正郎贞孚
复南丰李经纶秀才
答湛甘泉大司马
与林次崖佥宪
再答林正郎贞孚
答林次崖佥宪
答林次崖第二书
答胡子中大尹书
与钟筠谿亚卿
与崔后渠亚卿书
答萧一诚秀才书
太极述  
答罗整庵少宰书  
与整庵兄
答罗整庵先生寄困知记
答罗整庵先生寄困知记
寄罗整庵太宰书
答太宰罗公整庵书
序跋
困知记序
困知记后序
罗整庵先生困知记序
读困知记后语
潮州府刻困知记序
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