由于旧体系不是自始至终从思维与存在的关系去论述哲学问题，这就使它不能不把马克思主义哲学本体论化，不可能在哲学的内容、对象和性质上体现出马克思主义哲学与旧哲学的根本区别。
旧哲学是建立在科学与哲学尚未分化、或者虽已分化但发展得尚不充分的基础上的理论；马克思主义哲学则是在科学与哲学业已分化、在分化基础上已达到更高统一的基础上建立的理论。这两种不同的基础决定了它们在内容、研究的问题，特别是在许多问题的提法上，不能没有重大的区别。旧哲学所以是不科学的，不但因为它们的哲学观点是错误的或具有片面性的，而且由于受到科学条件的限制，它们关于许多问题的提法就是不科学的，例如，寻求世界终极的存在，万物的始基及其隐秘的本体和本质等。马克思主义哲学的科学性，决不在于对这些不可能得出科学答案的问题给出了科学的解答。随着哲学观点的科学化，也不能不同时抛弃或改变这些提得不正确的问题。随着哲学问题提法的改变，哲学理论的性质和功能也必然发生变化。
旧体系不是立足于这一变化去安排哲学内容的。它虽然采用了恩格斯关于“辩证法是研究自然、人类社会和思维的运动和发展的一般规律的科学”的哲学定义，却基本上是按照旧哲学的传统观点去理解定义内容的。它把自然、社会和思维三者看作“世界整体”的代名词，强调哲学是研究整个世界的本质和规律，而不是以人为主体研究主观思维与客观世界相一致的规律。以此去区别哲学与各门科学的不同、安排马克思主义哲学各部分的内容，这样的结果，就造成在有关唯物主义和辩证法的许多问题上沿用了早已为科学的发展所否定了的旧哲学的提法，例如，追求“世界的本原是什么”、“世界万物归根到底是个什么东西”、“整个世界的本质是什么”以及“万物普遍联系的体系如何”等等问题。这些问题不是不能回答，只是它并非哲学所能回答，而是要由全部科学在不断发展中去加以回答的。
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