病例对照研究，用于不能确定或者调查还未确定的所有暴露者和非暴露者的队列。在病例对照研究中，对病例和健康人群（对照）中暴露的分布要进行相互比较。计算比值比（OR），确定病例与食用食品之间的联系。选择对照，从概念上，对照必定没有所调查的疾病，而应只是代表病例来自的总体。常见的对照组包括：病例的邻居；来自同一医生诊治或同一医院但无所研究疾病的病人；家庭成员或病人的朋友；涉及相关事件但无发病者；暴露期间在相关食品服务机构就餐但无发病者。对照的数量，在50例或者以上的暴发中，1：1病例对照就足够。但在规模较小的暴发中，往往采用1：2、1：3或1：4病例对照。
二、环境与食品调查
环境调查，又称为食品卫生调查或现场卫生学调查。在食物中毒暴发期间环境调查的特殊目的包括：确定食品污染的来源、方式和程度；评估病原体存活方式的可能性，杀灭病原体或减少数量；评估在食品处理、加工和储存期间病原体生长的可能性；确定和实施正确的干预措施。
环境调查应力图阐明可疑食品制备时（如在暴发前）的真实情况，而不是仅仅调查现状。对于暴发相关的或可能相关的每种食品应进行全面调查。在调查中可能有用的记录内容包括：菜单、食谱和产品配方；加工的记录；购买和盘存的记录；运送记录和其他可疑食品来源相关的文件；危害分析和关键控制点（HACCP）计划及记录；控制活动的记录；流程图、楼宇平面图；投诉记录；清洁记录；食品检验室检测结果；以前的监督记录；个人记录（包括工人的上班时间和旷工情况）。
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