《小金丹》分为上、中、下三篇及附篇：上篇理论研究部分介绍了小金丹的来源、组成、用法、功效与主治等；中篇临床研究部分介绍了小金丹在传染、内、外、妇、男、五官、皮肤等科中的临床运用：下篇实验研究部分系统总结了小金丹在制剂与药理方面的最新研究进展；附篇应用注意部分介绍了小金丹的不良反应和应用须知 全书内容丰富，侧重于临床，适合于广大中医药临床及科研人员阅读参考。

上篇 理论研究
第一章 概述
第一节 小金丹的来源
第二节 小金丹的组成及用法
第三节 小金丹的功效与主治
第二章 古今名医论述

中篇 临床研究
第三章 传染科病症
第一节 经呼吸道传播的传染病
第二节 经血液等传播的传染病
第四章 内科病症
第一节 呼吸系统病症
第二节 消化系统病症
第三节 血液系统病症
第四节 内分泌及代谢系统病症
第五节 神经系统病症
第五章 外科病症
第一节 外科感染
第二节 体表肿瘤
第三节 颅脑病症
第四节 颈部病症
第五节 乳房病症
第六节 胸部病症
第七节 腹部病症
第八节 泌尿外科病症
第九节 淋巴管病症
第十节 骨与关节病症
第六章 妇科病症
第一节 盆腔病症
第二节 子宫内膜病症
第七章 男科病症
第一节 阴茎病症
第二节 睾丸及附睾病症
第三节 精索病症
第四节 前列腺病症
第五节 不育症
第六节 其他男科病症
第八章 五官科病症
第一节 鼻科病症
第二节 口腔科病症
第三节 喉科病症
第九章 皮肤科病症
第一节 病毒性皮肤病症
第二节 其他皮肤病症

下篇 实验研究
第十章 小金丹制剂研究
第十一章 小金丹药理研究
第一节 小金丹组成药物的药理作用
第二节 小金丹全方的药理研究
附篇 应用注意
第十二章 小金丹不良反应
第一节 小金丹不良反应类型
第二节 小金丹不良反应的可能原因
第三节 小金丹不良反应的预防
第十三章 小金丹应用须知