EAE与MS的相似性以及相似程度一直是研究者们感兴趣的问题。应该说，EAE作为MS的动物模型，与MS在许多方面具有一定的相似性，可以在某种程度上代表MS。但EAE作为一种人为诱导的疾病，与MS不可避免地存在一定的差别。
Baxter认为EAE动物模型与MS的主要共同点为：①两者都主要是中枢神经系统神经纤维髓鞘的破坏，而神经组织的其他成分包括轴索、神经细胞和支持结构的破坏则相对较少；②两者在中枢神经系统内多个病灶的出现均具有一定的时间和空间分布特性，总体来说，在脑干和脊髓更明显；③EAE和MS的病灶都主要在血管周围；④两者随着时间的推移，病变均由炎症经历脱髓鞘到胶质细胞增生和髓鞘再生；⑤EAE与MS均在中枢神经系统和脑脊液中出现免疫球蛋白。
在EAE中见到的组织病理学改变支持了Ferraro提出的一种可能：EAE与MS是由不同病因引起的疾病，但这些不同的致病因素最终导致了可以引起脑组织内相似的特异性炎症反应这样一种共同的过程。他将这描述为变态反应在脱髓鞘疾病引起的病理综合征的一致性。Adams和Kubik认为，组织病理学表现的一致性表明了导致EAE或MS的病原体是相似的，很可能EAE或MS的组织病理改变代表了中枢神经系统对损伤后免疫反应启动的相似反应，他们反对认为接种或前驱病毒感染是导致MS的直接病因的观点。EAE是第一个被发现而且已被很好研究的人类自身免疫疾病的动物模型，它在识别和研究免疫监督方面具有重要的作用，而且以其为实验基础发展了针对MS的多种治疗措施。
尽管EAE作为MS的动物模型有很多优点，且对于研究自身免疫反应性疾病是有一定意义，但应用于临床试验方面却很少成功。特别是在药物治疗研究方面，许多在EAE模型中表现为有治疗作用的方案，在MS中却没有表现出相应的治疗效果，EAE也因此遭到了很多的非议，特别是根据模型发展起来的干预措施引起了严重的、而从动物实验的结果无法预测的临床并发症。但Baxter认为一些临床研究的失败是可以通过EAE模型所得出的数据所预测的，而且，研究者不能过度依赖在严格实验条件下所得出的数据。
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