1.沤根生理性病害。病因主要是持续低温、多湿，表现为烂种和幼苗受害。受害幼苗主根根端或全部腐烂，即使不死苗，也会因延迟发根而影响秧苗早发。沤根为蕹菜早熟覆盖栽培的主要限制因子。防治措施：适期播种，春季勿播种过早；采用深沟高畦，从种子开始萌动至子叶期前后的一段时期内，畦高以10～15厘米为宜；加强温湿调控。
2.猝倒病和立枯病除采取与沤根防治同样的措施外，还可采取下列措施：一是土壤消毒。耕松表土，用福尔马林40毫升／米2对水2～4克浇泼后覆膜4～5天，再揭膜挥发14天，然后播种。二是播种前后撒药土护苗。用so%多菌灵可湿性粉剂（用量为8～10克／米2），拌半干细土，于播种前后各撒一层，夹护种子。三是发病后及时拔除病株，并在发病区撒多菌灵与细碎草木灰配成的药土，防止在病区扩大蔓延。亦可用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液喷雾一次。
3.蕹菜白锈病一是实行2～3年轮作。二是种子消毒，播种前进行热处理或药剂浸种，具体方法与一般作物种子消毒方法相同。三是及时采收，疏株通风，重点摘除感病茎叶（蕹菜茎部感病膨大增粗后仍可食用）。四是药剂防治，发病时以25%瑞毒霉可湿性粉剂2000倍液喷雾1次或用50%多菌灵可湿性粉剂喷雾1次。
4.褐斑病和轮纹病防治措施可参照蕹菜白锈病防治。
5.小地老虎防治措施一是冬季清园，减少虫源。二是灌水浸泡，播种或定植前几天，放水浸泡48小时，效果较好。三是人工捕杀，为害期在受害株附近寻踪挖掘捕杀。四是药剂防治，用敌敌畏、敌百虫等灌根、喷雾或将切碎的青菜叶拌药撒根际锈杀。
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