《海洋环境保护法》除第五条规定各管理部门的职责外，该法在其他条款中也涉及一些管理部门的职责规定，除规定各管理部门的职责外，还规定了一些由国家制定的事项、由国务院规定的事项、由沿海人民政府负责的事项。
1.国务院环境保护行政主管部门的职责
修订后的《海洋环境保护法》给国务院环境保护行政主管部门规定的主要职责，除对全国海洋环境保护工作实施指导、协调和监督，并负责全国防治陆源污染物和海岸工程建设项目对海洋污染损害的环境保护工作外，其他职责可概括为以下几项项，即：协调跨部门的重大海洋环境保护工作、编制环境质量公报、审核倾倒废物名录？审核选划海洋倾倒区；审核海洋工程建设项目环境影响报告书和选划临时性倾倒区；编制全国陆源重大污染事故应急计划等。
2.国家海洋行政主管部门的主要职责
除负责海洋环境的监督管理，组织海洋环境的调查、监测、监视、评价和科学研究，负责全国防治海洋工程建设项目和海洋倾倒废弃物对海洋污染损害的环境保护工作外，其他职责包括①：对海岸工程建设项目环境影响报告书提出审核意见；按照国家环境监测、监视规范和标准，管理全国海洋环境的调查、监测、监视，制定具体的实施办法；会同有关部门组织全国海洋环境监测、监视网络；定期评价海洋环境质量，发布海洋巡航监视通报；按照国家制定的环境监测、监视信息管理制度，负责管理海洋综合信息系统，为海洋环境保护监督管理提供服务；负责制定全国海洋石油勘探开发重大海上溢油应急计划。
3.国家海事行政主管部门的主要职责
可概括为7项职责：负责所辖港区水域内非军事船舶排污的监督管理和污染事故的调查处理；负责所辖港区水域外非渔业、非军事船舶，即运输船舶污染海洋环境的监督管理和污染事故的调查处理；负责所辖水域的监测、监视；负责制定全国船舶重大海上溢油污染事故应急计划；对在我国管辖海域航行、停泊和作业的外国籍船舶造成的污染事故登轮检查处理；对船舶发生海难事故造成或者可能造成重大污染损害强制采取措施；对违法经我国管辖海域转移危险废物的船舶进行处罚。
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