律师指出，公诉机关据以指控的主要证据是北京市人民检察院检验鉴定文书即《司法会计检验报告》（以下简称《检验报告》）。但《检验报告》显示，由于书店管理中存在漏洞，导致有关涉案的原始会计资料遗失，在《检验报告》出具过程中，书店不能全面出示相应账本、银行对账单、银行存款日记账或明细账等会计资料。此外，公诉机关未能提供有关公司帮助张某将转账支票套现的证据。律师认为，在案证据只能证明在涉案的第一个时间段即1991年至1994年6月期间，书店没有收到各门市的货款约为190余万元，蔡某作为工作人员曾领取过部分用于支付货款的转账支票。但在现有证据基础上不能得出流失的货款系由蔡、张二人通过有关公司套现的唯一性结论。即现有证据没有形成完整的证据链。在涉案的第二个时间段即1994年6月至2000年5月期间，部分证据也存在同样问题。
律师进一步指出，公诉机关指控的犯罪数额是以书店应收账款减去各门市已付货款之差来确定的，即指控数额是由公诉机关计算出来，而非证明出来的。此外，律师还就蔡某的主观故意，以及量刑等问题发表了辩护意见。
根据最高人民法院、最高人民检察院、司法部《关于适用普通程序审理“被告人认罪案件”的若干意见（试行）》第2条第（5）项的规定，“被告人认罪但经审查认为可能不构成犯罪”的，不适用本意见审理。律师认为，如本案按照“被告人认罪”程序审理，蔡某很有可能被法庭直接认定为贪污、侵占1060余万元巨款，显然对蔡某十分不利。本着对被告人负责、对案件负责、对法律负责的原则，律师在庭审过程中坚持指控证据不足的辩护意见，并建议法庭不适用“被告人认罪”程序审理本案。法庭最终接受了律师的建议。
律师发表辩论意见后，公诉机关也意识到了证据方面的不足，在第一次开庭后，又进行了证据补充。为此，法院组织了第二次开庭。针对公诉机关补充提交的证据，律师坚持了有关指控证据不足的辩护意见。
最终，法院认定蔡某的犯罪数额为840余万元，这意味着法院认定的数额比公诉机关指控的数额减少了220余万元。法院判决被告人蔡某犯贪污罪，判处有期徒刑11年；犯职务侵占罪，判处有期徒刑13年，决定执行有期徒刑18年。量刑结果表明，蔡某得到了从轻判决。
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