《新一代基因组测序：通往个性化医疗》与传统测序技术相比，新一代测序（NGS）技术具有超高速、高通量、低成本和高效益的强大优势；这种新兴技术的研发和新一代测序平台的建立对基因组研究、人类健康和社会认知都产生了重大影响，是当今前沿科学发展最为迅猛的领域。全书包括5个部分18章。第一部分和第二部分分别概述了传统的sangerDNA测序和新一代测序平台的工作原理、方法和特点；第三部分剖析了困扰测序技术瓶颈及其解决方案；第四部分介绍了测序的商业化应用和新兴的测序平台；第五部分探讨了新一代测序技术在基因组学研究中的广泛应用。
　　《新一代基因组测序：通往个性化医疗》由参与NGS技术开发和应用的研究人员和发明家撰写，是一本介绍新一代DNA测序技术的书。可作为高等院校生物学、医学、农学等领域的师生和研究人员学习参考用书，也对希望了解个人基因组信息、个性化医疗、伦理学等问题的读者有启迪和帮助作用。

　　15.3 染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）方法
　　染色质免疫沉淀是从活细胞收集与感兴趣蛋白质特异性结合的DNA片段，其过程可分为以下相对简单的3个（译者注：原文写为5个）步骤。第一步，用典型的甲醛交联剂处理目标细胞或组织，使蛋白质或DNA之间互相接触形成短的共价键。化合物在生物体内选择性的连接被及时固定，非常适合捕捉短暂的转录因子结合的相互作用。第二步，用超声或涡旋的方法破碎细胞，把DNA分子剪切到合适的大小。第三步，用抗体结合目标蛋白，将与其相连的分子拉下来。回收抗体，洗去无抗体连接的蛋白质和松散的DNA。通过高浓度盐和热处理可使甲醛产生交联逆转，同时抗体结合被破坏。通过以上三步高度富集到目标蛋白和体内结合的DNA序列。
　　当染色质免疫沉淀结合大规模平行测序时，可用试剂盒或酚-氯仿提取液从混合物中分离提取DNA片段。短DNA的平均长度取决于破碎细胞所使用的超声波或涡旋的波长和强度。用琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段，切取含需要的部分。通常DNA的长度为150～500bp。
　　交联后的一个有趣结果是检测到第二个蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA之间的相互作用位点。靠近转录因子的蛋白质在用甲醛处理后会交联在一起，随着转录因子一起被拉下来。免疫沉淀的DNA片段分析时交联的DNA均被测序。此方法创建了基因组多侧面的富集比对的读序列，暗示存在第二种蛋白质-DNA相互作用位点。对DNA的位点进一步分析却没有发现目标转录因子结合模体，表明DNA-蛋白质之间的相互作用可能不是直接的。
　　分离组蛋白及其相连的DNA的过程中可省去染色质免疫沉淀中交联的步骤。脑组织尸检时，用一种微球菌核酸酶代替超声波或涡旋，微球菌核酸酶消化细胞不会破坏组蛋白所在的核酸螺旋结构，使得在整个染色质免疫沉淀过程中DNA都能牢固地继续缠绕在组蛋白上。沉淀后，用蛋白酶K处理可使组蛋白和DNA分离，再用酚-氯仿提取。尽管该方法不会使转录因子沉淀，但却能明显简化组蛋白提取过程，又不改变组蛋白的信号修饰。用此方法研究组蛋白-DNA相互作用，表明组蛋白-DNA相互作用和组蛋白的修饰是相对稳定的，因此可以用在死亡30h捐献者脑组织前处理。
　　15.4 基于双脱氧标签Sanger测序
　　基于染色质免疫沉淀（ChIP）分析DNA或RNA的方法目前应用迟缓，其主要原因在于此方法不能分辨大群体核苷酸片段特性。而用基于双脱氧的Sanger毛细管测序法定量分析从单次染色质免疫沉淀实验获得的数百万个DNA片段又显得价格昂贵，群体DNA片段的多样性也让这种方法变得更为复杂。尤其对于大型哺乳动物基因组的研究更是如此。现在已开发出几种高效分析序列和目标片段的方法。虽然不可能对每一个片段进行双脱氧测序，但是抽样检测可以得知整个集合的组成。
　　……

译者序
前言
第一部分 Sanger DNA测序
1 SangerDNA测序
1.1 Sanger测序的基础
1.2 人类基因组计划的未来
1.3 局限性以及未来的机会
1.4 生物信息学是关键
1.5 下一步将往哪里走

第二部分 新一代测序：通往个性化医疗
2 lllumina基因组分析仪Ⅱ系统
2.1 文库的制备
2.2 簇的创建
2.3 测序
2.4 配对末端读序列
2.5 数据分析
2.6 应用
2.7 结论
3 应用系统生物公司（ABI）SOLIDTM系统：基于连接的测序
3.1 引言
3.2 SOLID系统概述
3.3 SOLID系统应用
3.4 结论
4 新一代基因组测序：454／Roche GSFLX
4.1 引言
4.2 技术概述
4.3 软件和生物信息学
4.4 研究应用
5 聚合酶克隆测序：历史、技术及应用
5.1 介绍
5.2 聚合酶克隆测序的历史
5.3 聚合酶克隆测序
5.4 应用
5.5 结论

第三部分 瓶颈：序列数据分析
6 新一代测序（NGS）数据分析
6.1 为什么新一代序列分析有所不同？
6.2 序列搜索策略
6.3 什么是击中，为什么它对NGS十分重要？
6.4 记分：为什么NGS的记分不同？
6.5 NGS序列分析的策略
6.6 后续数据分析
7 DNASTAR的新一代软件
7.1 个人基因组及个性化医疗
7.2 新一代DNA测序——作为个性化基因组学的方法
7.3 不同平台的优势
7.4 计算机挑战
7.5 DNASTAR的新一代软件解决方案
7.6 结论
……
第四部分 新兴测序技术
第五部分 新一代测序：真实地整合基因组分析
英汉对照词汇
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