然而，到目前为止，大多数转基因食品的出现并不是为了提高营养价值。人们其实是希望通过增强农作物抗病虫害和杀虫剂的能力来提高产量，这对于寻找能快速种植健康作物方法的农民来讲真是个好消息。
尽管没有证据说明生物工程改造的食物对健康有危害，而且倡导者也提出抗病虫害的作物会降低对杀虫剂的需求，还是有很多关于转基因食物的问题有待解决。
政府对转基因食品进行适当检查是这些食品进入市场的重要条件。目前，既没有确切的某种植物环境安全标准，也没有一个具体的转基因食品审查过程。但是，这个问题和审查过程目前都在研究当中。
贴标签是另外一个问题。在美国并不要求在转基因食品上贴上标签，但在欧洲，由于有关转基因食品的争论非常激烈，最近就制定了强制贴标签的指南。但这些指南刚开始使用就面临诸多问题。添加剂和调味品首次获得豁免，所以一种食物如果使用了很多添加剂也可以声称没有改变基因，这一点正在改进中。同样遭到热议的还有基因改变到什么程度才能称为转基因。欧盟被授权为其27个成员国家制定这种类型的法律文件，他们现在正在考虑规定，如果每种成分含生物工程材料不超过1010，就可以不贴标签。消费者群体正在努力争取规定为这一数字的1/10。不可预知的过敏反应也引起人们的关注，虽然含有致敏源的食物（如坚果或者坚果提炼油）都必须贴上标签。
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