1879年，日本因霍乱流行的冲击，地方官厅为施行防疫之便，设置町村卫生委员及府县卫生课。然而1886年官制的改革，设置警视总监，却废止町村卫生委员；原本属府县卫生课的权限，又转移到警视厅第五课由警察掌管，第五课职务又局限于防疫工作。当时内务省卫生局长长与专斋认为：这是卫生制度的退步。后藤在该书之中的批评为：将协同自治的事务转移、集中于国家的官治，颇不得策，而且倒行逆施。就当时日本卫生制度而言，这不仅造成府县卫生课与警察有关卫生事务之争，也使卫生局期待的综合预防体制无法实现。
相较而言，后藤在《制度论》中赞许英国自治政体的优点。即“所谓自治是遵循国家法律，立于政府监督之下，以名誉职构成行政机关，地方的支出由其地方支办，自定内部条规而有自主之权”。以及“国家有自治机关之必要，原因有二：（一）个人一方面是国家臣民，一方面为自由人民。（二）个人生活状态因时间、场所、发展状况而有所不同，因此不能以相同方法治理之”。而英国卫生制度的优点在于自治主义，即“凡卫生之事可依据地方性的，尽量委任各地方官厅全权处理；另一方中央官局也有管理监督之必要”。换言之，无论就卫生行政的扩充，或基于地方发展的差异性，地方自主或自治的卫生活动皆有其必要；中央机关仅担负监督及统合之职责。
此外，《制度论》也提出行政变革必须考虑生物习性，采取渐进的方式，不可急剧变革。盖因“习惯是第二天性，对于社会人事、行政造成极大的限制。尽管为促进社会发展，又不得不变化其习性，然而，急剧变革恐有害生理、卫生”；以及“社会人事、国家政治，必须就进化之理考究之，急剧变革不可行也”。
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