具体控制措施的选择
具体的微生物控制措施可根据其主要功能进行如下分组：
可减少微生物含量的、杀灭微生物的控制措施，例如杀灭、灭活或去除微生物的措施。这些措施可以是加工过程中的加工步骤（例如微孔过滤、热杀菌和巴氏灭菌），也可以是加工后影响食品品质的内在因素（例如熟化）。
可通过化学或物理方法预防、限制或阻止微生物生长的抑制微生物的控制措施。这些措施用来稳定产品、阻止病原菌和腐败性微生物活动，可在乳生产后、加工期间（例如在加工的各步骤之间）和加工后使用。抑制微生物的控制措施仍意味着有微生物生长的可能性。在加工后有效地抑制微生物的控制措施，可以作为外在因素（例如温度／时间控制）施用于产品，或作为内在因素（例如防腐剂和pH）注入产品中。
可直接预防产品污染的抑制微生物的控制措施，例如通过闭路循环或适当的包装来保护产品。这些措施用来预防物理污染，尤其是预防在包装过程和／或加工后的污染。
使用单个加工步骤（例如降低pH和水分含量）时可能对微生物产生一些后续的影响，而其他的微生物控制措施只能在实施该措施的加工点减少微生物的量。
多个微生物控制措施综合使用
通常需要采取一个以上微生物控制措施来控制微生物含量，阻止或预防腐败，以及协助预防食源性疾病。为了减少某些特定微生物的数目和／或使这些微生物在产品中不再生长／存活，可能要合理地综合使用多种控制措施。这些综合使用的控制措施，有时被乳品业称为“栅栏技术”。
综合使用控制措施有下列两个主要目的：
在加工过程中：保证有关病原菌（和／或腐败菌），如果有，其数量保持在或降低至可接受的水平；
在加工后（包装、经销和贮存）：保证加工过程中有关病原菌（和／或腐败菌）已达到的可接受水平在整个货架期内一直得到控制。
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