更加关注资源培育。从工程一期的单纯保护转向全方位的保育结合，有效地解决了天然次生林、人工林分生长过密，中幼龄树生长受阻造成的林木生长缓慢、生长被抑制、生态功能低下等问题。对国有林采取抚育措施后可加速林木生长；对东北、内蒙古等重点林区通过中幼林抚育和低效林改造等措施，可大幅度地提高林木生长量和林分质量，促进天然次生林向稳定结构顺向演替，同时也为巩固东北、内蒙古木材生产基地建设提供了有力保障，确保了国家木材战略储备。
更加关注扩大就业。工程二期不再安排国有职工一次性安置，而是通过继续实施公益林建设、森林管护，以及新增中幼林抚育、后备资源培育等建设任务增加就业岗位，保证工程区所有职工充分就业。仅新增的中幼林抚育和森林培育两项任务，就可以新增就业岗位24.88万个。
更加关注农民利益。天保工程一期对集体林没有经济补偿，很多农民对此意见很大，而二期则有效地兼顾了长江、黄河两大流域天保工程区的林农收入问题，对于纳入国家级公益林的，中央财政按每年每亩10元给予补偿；属于地方公益林的，中央财政每年每亩补助森林管护费3元。在工程区范围内没有纳入上述两类林的，由林农依法自主经营。
更加注重企业改革。为鼓励森工企业分离目前负担的广播电视、城市环保、社区管理等公益事业，凡移交地方政府统一管理的，中央财政将给予补助。
更加体现实事求是。工程二期改变了一期投入标准一定11年不变的静态资金预算控制，而是根据社会工资增长、物价变化等因素对投入标准进行动态管理。
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