国家重点生态功能区是指在水源涵养、水土保持、防风固沙、生物多样性维护、洪水调蓄等方面具有关键作用的区域，对维护国家或地区生态安全具有重要意义。我国政府一直非常重视对重点或脆弱生态区域的保护，先后制定发布了一系列规划。2010年，国务院发布《全国主体功能区规划》方案，将国土空间划分为优化开发区、重点开发区、限制开发区及禁止开发区四类，国家重点生态功能区作为限制开发区的重要组成部分，列出了水源涵养、水土保持、防风固沙、生物多样性维护四种生态服务功能类型的25个国家重点生态功能区，同时确定了每个重点生态功能区包括的县域名单。按照《全国主体功能区规划》，国家重点生态功能区的功能定位是：保障国家生态安全的重要区域，人与自然和谐相处的示范区；以保护和修复生态环境、提供生态产品为首要任务，因地制宜地发展不影响主体功能定位的产业，引导超载人口逐渐有序转移。在开发管制方面，要遵循以下原则：（1）对各类开发活动进行严格管制，尽可能减少对自然生态系统的干扰，不得损害生态系统的稳定性和完整性；（2）开发矿产资源、发展适宜产业和建设基础设施，都要控制在尽可能小的空间范围之内；（3）严格控制开发强度，逐步减少农村居民点占用的空间，腾出更多的空间用于维系生态系统的良性循环；（4）实行更加严格的产业准入环境标准，严把项目准入关；（5）在现有城镇布局基础上进一步集约开发、集中建设，重点规划和建设资源环境承载能力相对较强的县城和中心镇，提高综合承载能力；（6）加强县城和中心镇的道路、供排水、垃圾污水处理等基础设施建设。
《国家重点生态功能区县域生态环境质量考核工作手册（第1版）》整理了国家重点生态功能区县域生态环境质量考核工作相关的文件、技术方案、技术指南以及软件使用手册，方便参与国家重点生态功能区县域生态环境质量考核工作的管理及技术人员使用。
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