施琅原是郑成功的部将，后来投降清朝，他对郑成功部队的情况非常熟悉，深知郑成功的部队士兵大都信仰妈祖，而郑成功推崇玄天上帝是一个重大失误。于是，为了消灭明郑政权，施琅用尽各种手段，推崇妈祖信仰来压制玄天上帝信仰、瓦解郑氏军心就是其中之一。
康熙四年（1665），清水师提督施琅率水师进攻台湾，因在清水洋遇风，无功而返。这次失败以后，为了增强清兵在海上的自信心，施琅在福建沿海大力推崇妈祖信仰，祈求妈祖的保佑。清福建政府把妈祖作为清军的水上保护神，在沿海各地修建妈祖庙。施琅编造在平海候风时妈祖赐泉的神话，为统一台湾做舆论准备。康熙十九年正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻明郑政权在大陆的据点金门、厦门。郑经以右武卫林升督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战皆不利，郑经率诸将回台湾。清军攻占金门、厦门后，万正色上报大捷是因为妈祖转风助战。闽浙总督姚启圣奏请加封，康熙封妈祖为天上圣母，遣官致祭。
康熙二十年（1681），郑经去世，明郑政权内部矛盾斗争，力量更加削弱。康熙二十二年，内阁学士李光地与闽督姚启圣等上疏保荐时任内大臣的施琅为福建水师提督，率兵攻台。施琅保举同安总兵吴英、平阳总兵朱天贵，以二人所部船队分任左、右翼进攻澎湖。此战役施琅统领战船600只进军，其中朱天贵所部战船300只，是全军的主力。对于清军的进攻，明郑政权积极备战，坚决抵抗。主将刘国轩已料到施琅攻台必先攻澎湖，为此做了充分的准备，率大军亲赴澎湖指挥作战。
清军于六月十四日早晨出发，于十五日下午抵达澎湖列岛的猫屿和花屿。第二天清晨，清军向澎湖发起攻击。刘国轩列战舰迎敌。双方从清晨一直战到了傍晚，清军因主帅负伤，不敢恋战，主动撤出战斗。在这次战斗中，刘国轩的部将丘辉在海面上与朱天贵相遇。因丘辉和林应为儿女亲家，而林应和朱天贵也是儿女亲家，又都为明郑的旧日同僚。有此关系，朱天贵站于坐船尾楼上高声大呼：“亲家！”丘辉切齿应道：“叛贼！背义之人，天所不容！”说罢，即令舵工转舵，发炮，朱天贵猝不及防，被一炮打中，穿肋而死于船中。
战后，清军泊于八罩岛，休整五天。这对清军来说是十分危险的。六月的台湾海峡，从没有过五天的平静。飓风一起，巨浪滔天，战船在大海中十分危险。然而，上苍再一次眷顾了大清，从施琅进军之日起一连十天，海不扬波，风平浪静，施琅水师得以从容调度。
二十一日傍晚，清军开始向澎湖主岛进攻，这时，天边升起一团乌云。按正常天象，黑云是飓风的前兆。飓风一刮，清军全都得葬身海底。突然，一个闷雷从天边响起，雷声响后风云散。二十二日上午，施琅大军向明郑军发起总攻，双方相遇，清军将士认为天佑其军，士气更加高昂，而明郑军却觉得天意不在他们这边，未战已怯了三分。战至下午，大潮来了，浅滩变成了深水，清军士气越发振奋。明郑军抵挡不住。刘国轩见大势已去，乘船先逃，明郑军顿时崩溃，清军占领了澎湖岛。这场恶仗，共消灭明郑军一万二千余人，主力部队已经瓦解。
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