第二枚原子弹于1945年8月9日上午11时02分在长崎市上空爆炸。这枚原子弹结束了在亚洲的战争，它同时也是迄今为止在怒气之下使用的最后一枚原子弹。
有关第二枚原子弹的内幕，并不如第一枚轰炸广岛的那颗为人所共知。当时发生的情况如下。
8月6日，第一枚原子弹在广岛上空投下。整个城市毁于一旦，10万人丧生。翌日，杜鲁门总统警告日本领导人说，美国拥有一种“利用宇宙间基本能量”的武器，如果日方仍不接受同盟国提出的投降条件，日本将遭到“在这个地球上从未见过的，来自空中的毁灭之雨”的袭击。
3天之后，第二枚原子弹被空运到提尼安岛的空军基地。这一枚是钚原子弹，比在广岛上空投下的那枚铀原子弹更为先进，其潜在的破坏力更大，更令人感到不祥的是，数枚这种类型的原子弹当时正在生产线上组装。
8月9日清晨，这枚钚原子弹被装进一架经过专门改装，绰号为“博克汽车”B-29型的轰炸机的弹舱。其机组人员由查尔斯·斯威尼少校指挥，在其整队集合的同时，牧师为他们做了简短的祈祷，预祝他们一切顺利。随后，“博克汽车”便载着那致命的货物，隆隆地升入空中，向日本方向飞去。
然而，不顺的事开始发生了。其实在飞机起飞之前就曾发现，由于某一油泵发生故障，B-29型轰炸机所载油料有数百加仑无法使用，将致使飞机的持续飞行时间大大缩短。斯威尼少校很清楚机上逐渐减少的油量，于是他开始向主要投弹目标位飞去。
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