综合指标：教育系统的内部效率是指教育投入与直接产出（即所培养的一定数量和质量的学生）的比较，最常用的综合指标为生均成本，即将学生作为产出单位，计算单位产出的成本。生均成本的计算办法为：
生均成本一（学年或学制期内的）教育成本／学生数（毕业生数或在校生数）。
对于学生组成比较单一的中小学来说，学生数量比较容易计算，而对于学生层次类型不同的高等学校来说，本专科生、硕士博士研究生的成本水平差别很大，需要对不同的学生进行归一化处理，处理的常见做法是计算全日制当量学生数或称标准学生数（Full-timeequivalent，缩写为FTE）。例如在有关规定中不同在校生折合标准学生数的比例为：本科、专科、第二学士学位、在职人员攻读博士和硕士学位、高等职业技术教育学生、成人脱产班学生、预科生、进修生为1，博士生为2，硕士生为1.5，来华留学生为3，函授、网络教育生为0.1，夜大等其他学生均为0.3。
在年度学生数计算中，由于学年与自然年度不同，一个自然年度中年初的学生数与年末的学生数会有差异，需要进行处理，全年平均在校生数的计算方法为：
学年度在校生数一（学年初学生数*8+学年末学生数*4）／12
支出与成本：一项活动的成本被定义为社会为了完成该活动而放弃的资源的价值。从这个意义上说成本具有机会成本的含义。从理论上说教育活动的总成本也应包含所有因为进行教育活动而放弃的利益或收入。在实际应用中，教育管理和研究人员常常以学校支出为基础来讨论教育成本。虽然经过适当的处理，利用学校支出能够反映出教育活动成本行为的一些特性，但是这是两个不同的概念。第一，高等学校属于非营利性单位，其会计制度实行的是“收付实现制”，即对于收入和费用按照现金收付的日期确定其归属期。在这种会计制度下，基本建设费用计算在支出发生的当期，没有固定资产折旧的概念，固定资产投资总是在发生的当年结算，若用这种数据计算生均成本，等于把未来发生作用的成本计算在当期学生头上。这使得在固定资产投资集中发生的年份里的教育支出也集中，而用这一支出来代替成本是不合理的，因为这些固定资产会在一定的时间内发挥效用，惠及以后的学生，所以应当考虑在这些固定资产的生命周期内分摊该投资。“收付实现制”下也有可能把为过去的活动支付的费用记入当期，如离退休教师工资。与此对应，企业单位执行的会计制度——“权责发生制”——对于收入和费用，不论是否已有现金的收付发生，都按其是否能体现各个会计期间的经营成果和受益情况来确定其归属期，能够比较好地解决成本核算中的问题。
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