《中国特色国家创新体系建设的成功实践：知识创新工程（1998－2010年）评估报告》是中国科学院落实国务院第105次常务会议要求，组织开展知识创新工程评估工作的基础上形成的。《中国特色国家创新体系建设的成功实践：知识创新工程（1998－2010年）评估报告》系统总结了中国科学院知识创新工程取得的成绩与经验，认真梳理了所采取的重大改革举措，全面阐述了知识创新工程的效果和影响，深入分析了存在的问题与不足，并提出了未来发展的思路。
    《中国特色国家创新体系建设的成功实践（知识创新工程1998-2010年评估报告）》可为国家相关部门、地方政府制定科技创新政策提供参考，为大学、企业、科研机构等创新单元的改革与发展提供借鉴，为研究中国科技体制改革和国家创新体系建设的专家学者提供参考，为关心和支持中国科学院发展的各界人士提供素材。

    领域前沿项目由研究所自主部署，重在培育新生长点，主要是对基本原理和基本事实尚不清楚的前沿探索研究，是以探索未知世界、认识自然现象、揭示客观规律为主要目的的基础研究和高技术前沿探索。部署形式主要包括领域前沿项目、支持青年人才项目、引进人才、设立研究机构和平台建设、设立新学科方向、调整组织结构等。2009年，全院研究机构自主部署领域前沿项目1370项，投入经费共计4亿元。
    重要方向项目和重大项目由院机关组织实施。其中，重要方向项目主要是围绕重大或广泛的应用目标，探索新方法、新技术、新工艺，培育新的市场能力的定向研究，培育新的竞争优势。2006～2009年，全院共部署重要方向项目1121项，总计29亿元，平均单项项目经费259万元。
    重大项目以解决中国经济发展、国家安全和社会可持续发展的重大战略性科技问题为主要目标，与国家中长期科学和技术发展规划相衔接，是能充分发挥中国科学院综合优势、广泛吸纳社会资源、多所多学科系统集成并有望产生重大科技成果的大型项目。这类项目通常目标明确，创新思路、方法与技术路线已可预见，采取顶层设计、统一规划、自上而下的组织方式，成熟一项启动一项。2006～2009年，共部署重大项目24项，总计7.5亿元，平均单项项目经费3125万元。
    以提高创新能力为主线，在重要领域建设科技创新基地。知识创新工程三期，中国科学院总结经验，进一步创新管理，以提高创新能力为主线，在中国当前和长远发展的战略必争领域，建设了“1+10”科技创新基地，包括具有明确目标导向的交叉和重大科学前沿，依托大科学装置的综合研究基地，信息科技创新基地，空间科技创新基地，先进能源科技创新基地，纳米、先进制造与新材料科技创新基地，人口健康与医药科技创新基地，先进工业生物科技创新基地，现代农业科技创新基地，生态与环境科技创新基地，资源与海洋科技创新基地。
    建设科技创新基地的目的是为了瞄准国家战略需求和世界科技前沿，遴选重点领域，突破学科壁垒，突破研究所局限，突破基础研究、应用研究和高技术研发的分割，充分发挥中国科学院学科比较齐全的综合优势，更好地加强中国科学院与国家创新体系各单元之间的合作，集中力量做大事。与知识创新工程一期、二期相比，知识创新工程三期的科技创新基地不是研究实体，而是组织跨学科跨所重大科技创新活动的组织形式，是进行系统集成创新的重要平台。
    ……

序一 牢记历史使命，不断改革创新
序二 继往开来，更好地发挥科技国家队的“火车头”作用
前言
知识创新工程评估结果概述
知识创新工程评估方法
一、评估模型
二、评估主要环节
三、评估基础和数据来源

第一篇 成就
第一章 重大创新成果不断涌现
一、信息科技领域
二、空间科技领域
三、先进能源科技领域
四、纳米、先进制造与新材料科技领域
五、人口健康与医药科技领域
六、现代农业科技领域
七、生态与环境科技领域
八i资源与海洋科技领域
九、交叉和重大科学前沿
十、战略性生物资源
十一、大科学装置
第二章 科技创新能力大幅提升
一、调整布局，创新体制，夯实基础
二、国际学术影响力大幅提升
三、研究所持续发展能力显著增强
第三章 建设成为培养造就高级科技人才的基地
一、形成一支高水平的科技创新队伍
二、培养、输送一大批创新型人才
第四章 建设成为促进科技成果转移转化与高技术产业发展的基地
一、加强知识产权创造和转化
二、促进企业、区域创新能力提升和产业结构调整
三、不断孵化和培育高技术企业
四、提升科技成果转移转化能力
第五章 建设成为有重要影响的国家科学思想库-
一、围绕关系国家发展的重大问题，提供科学建议
二、为促进中国科学事业健康发展，有效发挥学术引领作用
三、围绕国家、地方经济社会发展需求，加强决策咨询作用
四、围绕科技战略决策，打造战略情报研究服务体系
五、弘扬科学精神，传播科学知识

第二篇 举措
第六章 战略部署与科技布局
一、明晰战略定位，确立新时期办院方针
二、加强战略研究，构建规划体系
三、凝练科技目标，调整科技布局
第七章 人才队伍建设
一、深化人事制度改革与创新
二、实施各类人才计划
三、加强研究生教育工作
第八章 体制机制改革与管理创新
一、探索建立现代研究所制度
二、探索建立矩阵式网格化科技创新组织管理模式
三、改革经济资源配置模式
四、改革评价制度与奖励制度
五、加强知识产权管理
六、改革经营性国有资产管理体制
第九章 国内外合作交流
一、加强与国家创新体系各单元的联合合作
二、加强国际及港澳台地区合作交流
第十章 创新基础设施建设
一、建设一流的科研条件平台
二、大力推进科研装备的自主研制
三、大力推动科技条件平台的开放与共享
四、加强科研信息化，提升信息、文献情报服务支撑能力
五、加强学术期刊、图书出版工作，推动科学传播和交流
六、全面加强科教基础设施建设
第十一章 党建工作、创新文化与制度建设
一、探索建立国立科研机构党建工作新格局
二、建设具有时代特征的创新文化
三、探索建立国立科研机构制度体系
第十二章 学部建设
一、加强院士队伍建设
二、推动咨询评议工作系统化、规范化
三、加强科学传播、学术及出版工作
四、拓展学部国际合作，提升中国科学院在国际学术界的影响力

第三篇 结论
第十三章 实施效果与影响
一、初步探索出一条建设国家知识创新体系的路子
二、带动了国家创新体系的整体建设和发展
三、大幅提升了中国在国际科技界的地位和影响力
第十四章 总体认识
一、知识创新工程实践的基本经验、问题与解决思路
二、走自主创新道路的几点规律性认识
重要英文缩略语对照表